Introduzione

Ricevere una lettera di compliance dall’Agenzia delle Entrate è sempre un momento di incertezza, ma quando l’anomalia riguardata nella comunicazione è la duplicazione delle fatture la preoccupazione aumenta. In base alle analisi automatiche delle dichiarazioni fiscali e dei file trasmessi allo SdI (Sistema di interscambio), l’amministrazione finanziaria può inviare al contribuente una comunicazione preventiva per segnalare presunte irregolarità. Tali lettere non hanno natura impositiva, ma rappresentano un invito a regolarizzare spontaneamente la propria posizione e, nel caso delle fatture duplicate, ad analizzare se le fatture siano state trasmesse due volte, abbiano codici diversi o derivino da errori di nomenclatura. La loro importanza deriva da tre fattori fondamentali:

• Rischi fiscali e sanzioni: se non si interviene tempestivamente, l’irregolarità segnalata potrebbe trasformarsi in un avviso di accertamento o in una cartella di pagamento con sanzioni più elevate. Le lettere di compliance consentono invece di regolarizzare con sanzioni ridotte (8–10 % per il controllo automatico, 16–20 % per il controllo formale) grazie alla normativa introdotta dal D.Lgs. 108/2024, che ha esteso a 60 giorni il termine per pagare o fornire chiarimenti.
• Diritti del contribuente: la legislazione italiana attribuisce al contribuente il diritto di essere informato di ogni fatto o circostanza che possa comportare il mancato riconoscimento di un credito o l’irrogazione di una sanzione . La comunicazione di irregolarità è un atto prodromico che, secondo la Corte di Cassazione, deve essere comunicato prima dell’iscrizione a ruolo in modo da evitare errori e consentire al contribuente di fornire le proprie osservazioni .
• Importanza dell’assistenza professionale: sebbene la procedura di regolarizzazione sembri semplice, le comunicazioni di anomalia per fatture duplicate richiedono analisi tecniche complesse (esame dei file XML, verifica dei codici SdI, confronto dei registri IVA) e comportano scelte strategiche (ravvedimento operoso, impugnazione della comunicazione, istanza di autotutela o richiesta di rateizzazione). In questo contesto, l’assistenza di un professionista permette di evitare errori, massimizzare i benefici fiscali e, se necessario, costruire una strategia difensiva efficace.

La professionalità dello Studio Legale dell’Avv. Giuseppe Angelo Monardo

L’Avv. Giuseppe Angelo Monardo è cassazionista e coordina un team multidisciplinare di avvocati e commercialisti specializzati in diritto tributario e bancario. È:

• Gestore della crisi da sovraindebitamento (L. 3/2012) iscritto negli elenchi del Ministero della Giustizia;
• Professionista fiduciario di un Organismo di Composizione della Crisi (OCC), incaricato di assistere debitori e creditori nella risoluzione di situazioni di insolvenza;
• Esperto negoziatore della crisi d’impresa ai sensi del D.L. 118/2021, figura introdotta per facilitare la ristrutturazione delle imprese in difficoltà;

Lo Studio Monardo offre supporto concreto al contribuente che riceve una lettera di compliance per fatture duplicate attraverso:

• Analisi tecnica dell’atto: esame del file XML della fattura, verifica della duplice trasmissione allo SdI, ricostruzione cronologica delle fatture e dei pagamenti.
• Predisposizione di chiarimenti o istanze di autotutela: redazione di osservazioni da inviare all’Agenzia delle Entrate entro 60 giorni per spiegare l’errore e bloccare la successiva iscrizione a ruolo.
• Assistenza nell’emissione delle note di variazione: registrazione dei duplicati e predisposizione delle note di credito ai sensi dell’art. 26 del D.P.R. 633/1972 , anche in forma cumulativa se più fatture sono coinvolte.
• Impugnazione dell’avviso bonario: in caso di vizi propri dell’atto o di contestazioni di merito, lo Studio valuta la convenienza di proporre ricorso immediato. La giurisprudenza più recente (Cassazione n. 3466/2021, n. 31630/2024, ord. 7226/2026) riconosce che l’impugnazione dell’avviso è facoltativa e che il contribuente può scegliere di attendere la cartella .
• Sospensione e rateizzazione: predisposizione di richieste di sospensione o piani di rateizzazione (fino a 20 rate trimestrali) ai sensi del D.Lgs. 462/1997, art. 3‑bis .
• Soluzioni giudiziali e stragiudiziali: ricorsi avanti la Corte di Giustizia Tributaria, negoziazioni con l’Agenzia delle Entrate e adesione a procedure di sovraindebitamento per ridurre i debiti.

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Nel resto dell’articolo verranno analizzati in modo approfondito il quadro normativo e giurisprudenziale, la procedura da seguire dopo la ricezione della lettera di compliance, le strategie difensive possibili, le alternative per risolvere il debito e le principali domande poste dai contribuenti. L’obiettivo è fornire un riferimento pratico e aggiornato (giugno 2026) per chi si trova a dover affrontare un avviso bonario per presunte fatture duplicate.

1. Contesto normativo e giurisprudenziale

1.1 Origine e funzione delle lettere di compliance

Le lettere di compliance sono strumenti con i quali l’Agenzia delle Entrate comunica preventivamente ai contribuenti l’esistenza di presunte irregolarità rilevate attraverso controlli automatizzati o formali. Lo scopo è promuovere l’adempimento spontaneo e ridurre il contenzioso. Le comunicazioni nascono dall’analisi incrociata dei dati presenti nelle dichiarazioni fiscali, nei file delle fatture elettroniche e dei corrispettivi telematici e dalle informazioni trasmesse dallo SdI. Un provvedimento dell’Agenzia del 22 aprile 2025 (prot. n. 176284/2025) ha avviato l’invio di lettere di compliance per il confronto tra i dati delle fatture elettroniche e i dati contenuti nelle dichiarazioni IVA 2022 . Secondo questo provvedimento, la comunicazione contiene, tra l’altro, il protocollo identificativo e la data di invio della dichiarazione IVA, il totale delle operazioni imponibili attive e il totale delle operazioni in reverse charge, l’ammontare complessivo delle operazioni non presenti nella dichiarazione, i dati identificativi dei clienti e dei fornitori e l’ammontare complessivo dei corrispettivi giornalieri . Queste informazioni consentono al contribuente di ricostruire l’origine della discrepanza e di regolarizzare eventuali errori tramite ravvedimento operoso .

Nel caso delle fatture duplicate, le lettere di compliance segnalano che, a causa di errori di trasmissione o registrazione, il sistema ha individuato due fatture relative alla stessa operazione. La duplicazione può derivare da diversi fattori: invio allo SdI della fattura in formato cartaceo e successivo invio elettronico con un numero progressivo diverso , errori di comunicazione tra l’operatore economico e l’intermediario , o divergenze nella nomenclatura del file che non consentono al SdI di scartare il documento duplicato . L’Agenzia delle Entrate ha chiarito, tramite le risposte ad interpello n. 395/2019 e n. 447/2023, che l’erronea duplicazione rientra tra le cause assimilate a nullità, revoca, risoluzione o rescissione e può essere corretta con l’emissione di note di variazione (note di credito) ai sensi dell’art. 26 D.P.R. 633/1972.

1.2 Note di variazione e art. 26 D.P.R. 633/1972

L’art. 26 del D.P.R. 633/1972 disciplina le variazioni dell’imponibile o dell’imposta. Secondo la norma, se un’operazione fatturata viene meno in tutto o in parte o se ne riduce l’ammontare imponibile, il cedente può emettere una nota di variazione (nota di credito) per diminuire l’imposta precedentemente addebitata . Le cause che giustificano la variazione comprendono la nullità, l’annullamento, la revoca, la risoluzione o la rescissione del contratto . Inoltre, il secondo e il terzo comma consentono di emettere la nota anche oltre l’anno se la variazione deriva da procedure concorsuali o da situazioni di inesigibilità. In caso di errori nelle registrazioni IVA, la norma prevede l’annotazione delle variazioni nei registri e la detrazione della relativa imposta .

L’Agenzia delle Entrate, con la risposta a interpello n. 395/2019, ha confermato che l’invio duplicato di una fattura elettronica può essere rettificato mediante una nota di variazione che storni integralmente la fattura duplicata. La nota deve riportare la causale “storno totale della fattura per errato invio tramite SdI” e il cliente che la riceve non deve indicarla nella propria dichiarazione IVA. La risposta n. 447/2023 ha ribadito il principio e ha specificato che l’operatore deve registrare le fatture duplicate nei registri IVA con riferimento al periodo in cui sono state emesse e poi emettere le note di variazione, anche cumulative per ciascun codice IVA, indicando gli estremi delle fatture da stornare. Per i contribuenti che hanno trasmesso due fatture con codici o numerazioni diverse, è fondamentale registrare correttamente entrambe le fatture nei registri IVA (vendite e acquisti) prima di procedere allo storno.

Queste indicazioni si fondano sull’interpretazione secondo cui l’errore di duplicazione rientra nelle cause che legittimano la variazione in diminuzione, analogamente alla nullità o alla revoca. In tal modo, l’operatore economico può recuperare l’IVA indebitamente versata e correggere la propria contabilità senza attendere l’esito del contenzioso.

1.3 Controlli automatizzati e comunicazione dell’esito (art. 36‑bis D.P.R. 600/1973 e art. 54‑bis D.P.R. 633/1972)

I controlli automatizzati costituiscono la base giuridica della lettera di compliance. L’art. 36‑bis del D.P.R. 600/1973 prevede che, sulla base delle dichiarazioni presentate dai contribuenti, l’Agenzia delle Entrate liquidi le imposte, contributi e premi dovuti correggendo errori materiali o di calcolo, verificando la corretta indicazione delle deduzioni e detrazioni, e riducendo crediti o eccedenze indicati in misura superiore a quella spettante . Se dai controlli emerge un risultato diverso da quello indicato nella dichiarazione, l’esito della liquidazione deve essere comunicato al contribuente per evitare la reiterazione degli errori . Quest’ultimo ha 30 giorni (termine portato a 60 giorni dal D.Lgs. 108/2024) per fornire chiarimenti o trasmettere documenti, e il mancato invio della comunicazione rende nullo l’atto successivo . La comunicazione consente inoltre di beneficiare di sanzioni ridotte (pari al 10 % per il controllo automatico) .

Per l’IVA, l’art. 54‑bis del D.P.R. 633/1972 richiama le medesime regole. La norma stabilisce che l’amministrazione finanziaria, avvalendosi di procedure informatiche, liquida l’imposta dovuta in base alle dichiarazioni, corregge errori materiali, controlla le operazioni imponibili e le deduzioni e comunica l’esito al contribuente che può fornire chiarimenti entro 30 giorni. A seguito delle modifiche introdotte dal D.Lgs. 108/2024, il termine per il pagamento o per la trasmissione dei chiarimenti è stato portato a 60 giorni. Anche nel caso dell’IVA, l’omessa comunicazione può comportare la nullità della successiva cartella di pagamento e consente al contribuente di invocare sanzioni ridotte.

Per le fatture duplicate, la procedura di controllo automatico si attiva quando il sistema rileva due documenti relativi alla stessa operazione. L’esito della liquidazione viene comunicato con la lettera di compliance che riepiloga i dati rilevati e invita il contribuente a regolarizzare o fornire chiarimenti .

1.4 Statuto del contribuente: diritti all’informazione e principio del contraddittorio

Lo Statuto dei diritti del contribuente (L. 212/2000) rappresenta la fonte primaria dei diritti procedurali del contribuente. L’art. 6 stabilisce che l’amministrazione finanziaria deve assicurare l’effettiva conoscenza da parte del contribuente degli atti a lui destinati, inviandoli all’indirizzo di domicilio e con modalità che garantiscano la riservatezza . Al comma 2 si prevede che l’amministrazione deve informare il contribuente di ogni fatto o circostanza che possa comportare il mancato riconoscimento di un credito o l’irrogazione di una sanzione e richiedere di integrare o correggere gli atti prodotti . L’art. 6 bis (introdotto nel 2022) codifica il principio del contraddittorio: tutti gli atti autonomamente impugnabili dinanzi agli organi della giurisdizione tributaria devono essere preceduti, a pena di annullabilità, da un contraddittorio preventivo di almeno sessanta giorni . Tuttavia, la norma esclude espressamente gli atti automatizzati e di pronta liquidazione, come le comunicazioni ex art. 36‑bis e 54‑bis, dai casi in cui il contraddittorio è obbligatorio . Ciò significa che, pur non esistendo un obbligo di contraddittorio endoprocedimentale per gli avvisi bonari derivanti da controlli automatizzati, l’amministrazione deve comunque inviare la comunicazione di irregolarità e assegnare un termine per le osservazioni.

1.5 Ravvedimento operoso (art. 13 D.Lgs. 472/1997)

Il ravvedimento operoso consente al contribuente di sanare spontaneamente violazioni fiscali, pagando l’imposta dovuta, gli interessi e sanzioni ridotte in misura proporzionale al tempo trascorso. L’art. 13 del D.Lgs. 472/1997 prevede riduzioni diverse: la sanzione è ridotta a 1/10 se il pagamento avviene entro 30 giorni, a 1/9 se la regolarizzazione avviene entro 90 giorni, a 1/8 se la regolarizzazione avviene entro il termine di presentazione della dichiarazione relativa all’anno in cui è stata commessa la violazione, a 1/7 se la regolarizzazione avviene entro un anno dalla violazione . La norma precisa che il ravvedimento è ammesso anche dopo la ricezione della comunicazione di irregolarità o dell’avviso di accertamento e non è precluso dalla notifica degli avvisi di controllo automatico o formale . Pertanto, nel caso delle fatture duplicate, il contribuente può utilizzare il ravvedimento operoso per regolarizzare eventuali omissioni di versamento o per correggere l’IVA detratta sulla fattura duplicata.

1.6 Rateizzazione e definizioni agevolate (art. 3‑bis D.Lgs. 462/1997)

Quando la comunicazione di irregolarità segnala un debito e il contribuente decide di pagare, è possibile dilazionare l’importo in più rate. L’art. 3‑bis del D.Lgs. 462/1997 prevede che le somme dovute a seguito delle comunicazioni emesse per i controlli automatizzati possano essere pagate in un massimo di 20 rate trimestrali, con la prima rata da versare entro 60 giorni dalla comunicazione . Le rate successive scadono l’ultimo giorno di ciascun trimestre e sono dovuti interessi al tasso legale; il mancato pagamento della prima rata comporta l’immediata iscrizione a ruolo per l’intero debito e per le sanzioni previste. L’art. 3‑bis comma 2‑bis consente al contribuente di versare gli importi in forma rateale anche prima di ricevere la comunicazione, calcolando autonomamente l’importo dovuto e beneficiando della riduzione delle sanzioni .

In alternativa alle rate ordinarie, la normativa fiscale prevede periodicamente definizioni agevolate o rottamazioni che consentono di pagare le imposte e le sanzioni con riduzioni o esenzioni degli interessi. Al momento (giugno 2026) non risultano attive “rottamazioni quater” o “rottamazioni quinquies” specifiche per le cartelle, e pertanto non si farà riferimento alla rottamazione quinquies.

1.7 Giurisprudenza recente

La giurisprudenza della Corte di Cassazione ha chiarito diversi aspetti relativi alle comunicazioni di irregolarità, alla duplicazione delle fatture e alla tutela del contribuente.

1. Cass. n. 6248/2024 – la Corte ha stabilito che, sebbene l’art. 36‑bis non sanzioni espressamente la mancata comunicazione dell’avviso bonario, la sua omissione comporta la nullità della successiva cartella di pagamento e comporta la riduzione delle sanzioni dal 30 % al 10 % . La comunicazione serve infatti a evitare errori nella dichiarazione successiva e a garantire il diritto al contraddittorio.
2. Cass. n. 18078/2024 – con ordinanza del 2024, la Suprema Corte ha ritenuto legittima una cartella di pagamento emessa dopo un controllo automatico anche senza la comunicazione di irregolarità, qualora l’anomalia riguardi il mancato versamento di somme dichiarate e non errori nella dichiarazione . Secondo questa interpretazione, la comunicazione non è sempre obbligatoria ma resta doverosa quando vi sono incertezze sui dati dichiarati.
3. Cass. nn. 3466/2021 e 31630/2024 – queste pronunce hanno riconosciuto la facoltatività dell’impugnazione dell’avviso bonario. Pur non essendo incluso tra gli atti impugnabili ex art. 19 D.Lgs. 546/1992, l’avviso bonario può essere impugnato per vizi propri o per contestare la pretesa tributaria. Tuttavia, l’omessa impugnazione non preclude la possibilità di contestare la successiva cartella.
4. Ordinanza Cass. n. 7226/2026 – la Corte ha definitivamente stabilito che l’impugnazione dell’avviso bonario è una facoltà e non un onere; il contribuente può scegliere di attendere la cartella di pagamento e contestarla . Gli atti non inclusi nella lista tassativa dell’art. 19 D.Lgs. 546/1992 sono impugnabili solo su base volontaria; l’omessa impugnazione non cristallizza la pretesa tributaria e non preclude la difesa successiva .
5. Altre pronunce – la giurisprudenza successiva al 2024 continua a valorizzare il contraddittorio e la tutela del contribuente, affermando che le comunicazioni di irregolarità devono essere complete e comprensibili. In un avviso all’utenza del 26 novembre 2026, l’Agenzia delle Entrate stessa ha riconosciuto che alcune lettere di compliance relative alle detrazioni IVA non tenevano conto di tutte le bollette doganali e ha invitato i contribuenti a segnalare l’anomalia tramite il canale Civis . L’amministrazione ha ribadito che le lettere di compliance hanno lo scopo di instaurare un dialogo con il contribuente e facilitare la correzione degli errori .

1.8 Circolari, risoluzioni e provvedimenti dell’Agenzia delle Entrate

Oltre alle norme di legge e alla giurisprudenza, l’Agenzia delle Entrate ha emanato documenti di prassi che forniscono interpretazioni e istruzioni operative:

• Risoluzione n. 395/2019: chiarisce che, in caso di duplicazione di fatture elettroniche, è possibile emettere una nota di variazione per stornare la fattura duplicata. La nota deve riportare come causale “storno totale della fattura per errato invio tramite SdI” e il cliente non deve includerla nella propria dichiarazione.
• Risposta ad interpello n. 447/2023: conferma la soluzione già indicata nel 2019 e precisa che le note di variazione possono essere cumulative per ciascun codice IVA, purché riportino gli estremi delle fatture duplicate. Ricorda inoltre che il Sistema di interscambio controlla l’identificativo del cedente, l’anno e il numero di fattura ma non sempre rileva i duplicati se i file hanno nomenclature diverse .
• Provvedimento prot. n. 176284/2025: istituisce le lettere di compliance per le dichiarazioni IVA 2022, elencando le informazioni che devono essere contenute nella comunicazione e invitando i contribuenti a regolarizzare le anomalie tramite ravvedimento .
• Avviso all’utenza del 26 novembre 2026: pubblicato sul sito dell’Agenzia delle Entrate, riconosce che alcune lettere di compliance inviate a fine 2026 contenevano errori e invita i contribuenti a segnalarli tramite il canale Civis, ribadendo che l’obiettivo delle comunicazioni è favorire il dialogo .

Questi documenti integrano la normativa e vanno tenuti in considerazione per comprendere l’atteggiamento dell’amministrazione nei confronti delle duplicazioni e per predisporre le difese.

2. Procedura passo-passo dopo la notifica della lettera di compliance per fatture duplicate

Ricevere una lettera di compliance non è la fine del mondo: è un invito a verificare la propria posizione e a correggere eventuali errori prima che l’Agenzia delle Entrate proceda con l’iscrizione a ruolo. Tuttavia, è fondamentale agire rapidamente. Di seguito si propone una procedura passo‑passo che il contribuente (coadiuvato dal proprio consulente o dallo Studio Monardo) dovrebbe seguire.

2.1 Verifica immediata della comunicazione

1. Analisi del contenuto della lettera: la comunicazione indica gli elementi identificativi dell’anomalia: il protocollo e la data della dichiarazione IVA, la somma delle operazioni attive imponibili e delle operazioni in reverse charge, l’importo delle operazioni che non risultano indicate nella dichiarazione, i dati dei clienti e dei fornitori e il totale dei corrispettivi . Nel caso di duplicazione, il file potrebbe segnalare fatture con importi identici o con medesima descrizione.
2. Confronto con i registri contabili: confrontare i dati riportati nella lettera con i registri IVA e la contabilità interna. È essenziale verificare il numero progressivo, la data di emissione e il codice SdI delle fatture per individuare eventuali duplicati. Spesso la duplicazione deriva da un invio cartaceo seguito dall’invio elettronico con numerazione diversa .
3. Raccolta della documentazione: reperire le fatture elettroniche in formato XML, le ricevute di trasmissione e i messaggi di consegna o scarto dello SdI. In caso di duplicazione, esisteranno due file con codici univoci diversi ma riferiti alla stessa operazione. Conservare anche le conferme di consegna e i messaggi di scarto, utili per dimostrare che una delle due fatture è stata scartata o per evidenziare la causa dell’errore.
4. Analisi dei pagamenti: verificare se il cliente ha pagato una o entrambe le fatture. Se l’incasso è duplice, occorrerà restituire l’importo in eccesso o emettere una nota di credito commerciale; se il pagamento è singolo, la nota di variazione non incide sul credito commerciale ma solo sull’IVA.
5. Valutazione dell’IVA detratta o versata: controllare se l’IVA riportata nella fattura duplicata è stata detratta o versata. Il cliente che riceve la fattura duplicata non deve detrarre due volte l’IVA; se lo ha fatto, dovrà correggere la detrazione con una variazione in aumento. Il cedente potrà recuperare l’IVA versata due volte tramite nota di variazione.

2.2 Termine per il pagamento o per i chiarimenti

Dal 1° gennaio 2025, a seguito della riforma introdotta dal D.Lgs. 108/2024, il contribuente ha 60 giorni dalla data di ricezione dell’avviso bonario per:

• Pagare integralmente l’importo dovuto, beneficiando di sanzioni ridotte: 10 % (o 8,33 % se si paga entro 30 giorni) per il controllo automatico, 20 % (o 16,67 %) per il controllo formale.
• Presentare chiarimenti: inviare all’Agenzia delle Entrate, via PEC o tramite il servizio Civis, un documento che illustri l’errore di duplicazione, allegando le fatture originali e duplicate, le ricevute di trasmissione e un prospetto che dimostri l’assenza di un maggior imponibile. La risposta può essere inviata anche tramite l’intermediario abilitato.
• Iniziare la procedura di rateizzazione: se si opta per la rate, la prima rata deve essere versata entro 60 giorni; in mancanza, l’intera somma viene iscritta a ruolo .

Sono previste sospensioni feriali: i termini sono sospesi dal 1° al 31 agosto e dal 1° al 31 dicembre. Inoltre, per l’IVA da tassazione separata, il termine resta di 30 giorni. Se il termine scade in un giorno festivo, è prorogato al primo giorno lavorativo successivo.

2.3 Chiarimenti e istanza di autotutela

L’istanza di chiarimento o di autotutela è uno strumento fondamentale per contestare l’anomalia. Nella lettera di risposta bisogna:

1. Descrivere l’errore di duplicazione: spiegare che la duplicazione deriva, ad esempio, dall’invio cartaceo antecedente alla fatturazione elettronica o da un errore dell’intermediario. Allegare i due file con i rispettivi codici SdI e dimostrare che si riferiscono alla stessa operazione.
2. Allegare le prove: includere le fatture originali, i duplicati, le ricevute di trasmissione e di scarto e ogni altra documentazione che confermi l’assenza di un maggiore imponibile (estratti conto, ordini, note di consegna, ecc.).
3. Sostenere la tesi con i riferimenti normativi: citare l’art. 26 D.P.R. 633/1972 che consente l’emissione di note di variazione per le operazioni annullate o revocate , e richiamare le risposte dell’Agenzia alle interpello n. 395/2019 e n. 447/2023.
4. Proporre la soluzione: indicare che si provvederà a registrare entrambe le fatture nei registri IVA e a emettere la nota di variazione per stornare la fattura duplicata. Se la fattura duplicata è stata emessa da più di un anno, precisare che la variazione è ammessa perché l’errore è assimilabile alla nullità o all’annullamento.
5. Richiedere l’archiviazione dell’anomalia: chiedere all’amministrazione di prendere atto dell’errore e di archiviare la segnalazione. In alternativa, si può chiedere una revisione del debito e, se del caso, la riduzione delle sanzioni.

L’istanza deve essere inviata tramite PEC all’indirizzo indicato nella comunicazione, oppure tramite il portale Civis, che consente di caricare i documenti. È consigliabile inviare la risposta con raccomandata A/R o via PEC per certificare la data di invio.

2.4 Emissione delle note di variazione (note di credito)

Se l’anomalia deriva da una duplicazione effettiva, è necessario regolarizzare la posizione attraverso le note di variazione. La procedura prevede:

1. Registrazione delle fatture duplicate: sia la fattura originaria sia il duplicato devono essere registrate nei registri IVA vendite con i rispettivi numeri e date. Questa registrazione è fondamentale per dimostrare che l’operazione è stata correttamente contabilizzata.
2. Emissione della nota di variazione: successivamente, l’operatore deve emettere una nota di variazione in diminuzione (nota di credito) con causale “storno totale della fattura per errato invio tramite SdI”. La nota deve riportare gli estremi della fattura duplicata e indicare l’importo (imponibile e imposta) da stornare.
3. Registrazione della nota nei registri IVA: la nota di credito deve essere registrata nei registri IVA con riferimento al periodo in cui è emessa. Il cedente potrà detrarre l’IVA nella liquidazione del periodo, mentre il cliente non dovrà includere la nota nella propria liquidazione perché si tratta di un documento destinato a stornare una fattura inesistente.
4. Cumulabilità: se sono stati emessi più duplicati per lo stesso codice IVA, è possibile emettere una nota di variazione cumulativa, a condizione che siano elencati tutti gli estremi delle fatture duplicate. Questa soluzione semplifica la procedura e riduce il numero di documenti da gestire.
5. Monitoraggio degli effetti: dopo l’emissione della nota di variazione, occorre verificare che l’IVA in eccesso sia stata recuperata correttamente e che non residuino differenze. Se la duplicazione ha determinato versamenti eccedenti, l’operatore potrà chiedere la restituzione dell’IVA o utilizzare il credito in compensazione.

2.5 Pagamento e rateizzazione

Se la lettera di compliance segnala un debito reale (ad esempio, perché il contribuente ha detratto due volte l’IVA), è necessario pagare l’importo dovuto entro 60 giorni con le sanzioni ridotte previste dal D.Lgs. 108/2024. Il pagamento può avvenire:

• In un’unica soluzione, attraverso modello F24 precompilato o generato dall’Agenzia.
• In modalità rateale, per un massimo di 20 rate trimestrali. Il contribuente deve versare la prima rata entro 60 giorni e le rate successive entro l’ultimo giorno di ciascun trimestre . In caso di pagamento rateale, è necessario calcolare gli interessi legali sulle rate successive e compilare il modello F24 con i codici tributo indicati nella comunicazione.

L’eventuale scelta della rateizzazione non preclude la presentazione dei chiarimenti: il contribuente può pagare in parte e inviare comunque la documentazione per dimostrare la propria posizione. Qualora, a seguito dei chiarimenti, l’Agenzia riconosca l’errore e riduca l’importo, le rate rimanenti saranno ricalcolate.

2.6 Presentazione del ricorso e impugnazione

Sebbene la comunicazione di irregolarità non sia un atto impositivo definitivo, la giurisprudenza ammette la possibilità di impugnarla per vizi propri. Le pronunce citate (Cass. 3466/2021, Cass. 31630/2024, ord. 7226/2026) riconoscono che l’impugnazione dell’avviso è facoltativa . Lo Studio Monardo valuta l’opportunità di impugnare la comunicazione nei seguenti casi:

• Vizi formali: assenza della descrizione dell’anomalia, mancata allegazione dei documenti di riferimento, errori evidenti nei calcoli o nelle sanzioni.
• Vizi sostanziali: contestazione di elementi di merito (ad esempio, si contesta che la fattura sia effettivamente duplicata o che l’IVA detratta sia indebita), specie se l’Agenzia non ha tenuto conto di documenti o chiarimenti già prodotti.
• Esigenza di anticipare la controversia: in alcuni casi può essere utile impugnare subito l’avviso per ottenere una pronuncia di annullamento e bloccare la successiva iscrizione a ruolo; questo può avvenire quando la somma richiesta è ingente o quando la posizione contabile è complessa.

In ogni caso, la mancata impugnazione della lettera non preclude la possibilità di contestare la successiva cartella. La Corte di Cassazione ha ribadito che l’unico atto che il contribuente ha l’onere di impugnare è la cartella di pagamento, perché è l’atto che cristallizza la pretesa tributaria . Pertanto, se si preferisce attendere, è possibile depositare il ricorso contro la cartella entro 60 giorni dalla notifica, sollevando le stesse eccezioni.

3. Difese e strategie legali

Di fronte a una lettera di compliance per fatture duplicate, il contribuente dispone di diversi strumenti per difendere i propri diritti e minimizzare l’esposizione fiscale. Le strategie variano in base alla specifica situazione e richiedono un’analisi puntuale della normativa e della giurisprudenza.

3.1 Verifica preliminare e autodifesa

La prima difesa è la verifica della fondatezza dell’anomalia. Se dalle verifiche contabili risulta che la duplicazione è inesistente o è frutto di un errore dell’Agenzia, il contribuente può presentare un chiarimento per far annullare la comunicazione. In alcuni casi, l’Agenzia delle Entrate stessa riconosce eventuali errori: nell’avviso all’utenza del 26 novembre 2026 ha ammesso che alcune lettere di compliance per la detrazione IVA contenevano dati incompleti e ha invitato i contribuenti a segnalare l’errore . Ciò dimostra che l’amministrazione è disposta a correggere le anomalie quando il contribuente fornisce adeguate spiegazioni.

Per contestare la fondatezza dell’anomalia, è utile:

• Confrontare i dati dell’Agenzia con i registri e le fatture;
• Controllare eventuali scarti del Sistema di Interscambio;
• Verificare le comunicazioni di scarto e di accettazione;
• Ricorrere all’assistenza del servizio Civis per ottenere chiarimenti.

3.2 Ricorso gerarchico e istanze di autotutela

L’istanza di autotutela è la richiesta rivolta all’ufficio competente affinché annulli o corregga l’atto quando risulta manifestamente illegittimo o infondato. Può essere proposta in qualsiasi momento, anche dopo l’emissione della cartella di pagamento. L’istanza non sospende automaticamente i termini, ma può portare alla sospensione su richiesta motivata. Nel caso di fatture duplicate, l’istanza deve:

• Evidenziare l’errore (dimostrando che la duplicazione non comporta un maggiore imponibile);
• Citare le norme (art. 26 D.P.R. 633/1972, risposte 395/2019 e 447/2023) che consentono di stornare le fatture duplicate;
• Allegare la documentazione comprovante la regolarità della posizione;
• Chiedere l’archiviazione della pratica o la rettifica dell’importo.

La presentazione dell’istanza di autotutela è consigliata anche in parallelo all’eventuale pagamento rateale: se l’ufficio accoglie l’istanza, le rate residue vengono annullate o rideterminate.

3.3 Impugnazione dell’avviso bonario: quando conviene?

Come visto, la giurisprudenza riconosce che l’impugnazione dell’avviso bonario è facoltativa . Tuttavia, in alcune situazioni può essere conveniente proporre ricorso immediato alla Corte di Giustizia Tributaria:

• Prescrizione dei diritti: se si ritiene che il termine di decadenza per l’accertamento sia prossimo a scadere, impugnare l’avviso può paralizzare i termini e impedire la successiva iscrizione a ruolo.
• Interessi e sanzioni: un ricorso tempestivo consente di contestare sin da subito la base imponibile, le sanzioni e gli interessi, evitando di pagare somme non dovute.
• Vizi di notifica o di motivazione: se l’avviso è stato notificato in un luogo diverso da quello di domicilio fiscale o se manca la motivazione, il ricorso può condurre all’annullamento dell’atto.

In ogni caso, l’impugnazione richiede la compilazione del ricorso con l’indicazione dei motivi, la notifica all’Agenzia e il deposito presso la Corte competente entro 60 giorni dalla notifica della comunicazione. È consigliabile essere assistiti da un avvocato specializzato che possa individuare i profili di illegittimità.

3.4 Difese nella fase di riscossione: ricorso contro la cartella di pagamento

Se il contribuente decide di non impugnare l’avviso bonario e l’Agenzia delle Entrate emette la cartella di pagamento, il ricorso contro quest’ultima è l’atto con cui si contestano sia i vizi propri della cartella sia i vizi della comunicazione presupposta. La cartella può essere impugnata per:

• Mancata o irregolare notifica dell’avviso bonario: la Cassazione ha affermato che l’omessa comunicazione comporta la nullità della cartella , salvo i casi in cui l’anomalia riguarda il mancato versamento di somme dichiarate .
• Vizi di motivazione: se la cartella non indica le ragioni dell’adebito o non allega l’estratto di ruolo.
• Vizi dell’anomalia originaria: ad esempio, se la pretesa deriva da una fattura duplicata correttamente stornata.

Il ricorso contro la cartella deve essere presentato entro 60 giorni dalla notifica e può essere accompagnato da una richiesta di sospensione dell’esecutività. Il giudice può sospendere la riscossione se sussiste un danno grave e irreparabile.

3.5 Rateizzazione e piani di rientro

Oltre alla rateizzazione ex art. 3‑bis D.Lgs. 462/1997, il contribuente può ricorrere alla rateizzazione offerta dall’Agenzia delle Entrate‑Riscossione (AER) dopo l’iscrizione a ruolo. In tal caso, la domanda va presentata all’AER e consente di dilazionare il debito fino a 72 rate (6 anni). Sono previsti piani ordinari (fino a 72 rate) e piani straordinari (fino a 120 rate) per contribuenti in situazione di grave e comprovata difficoltà economica.

Lo Studio Monardo assiste i contribuenti nell’istruttoria, preparando la documentazione sul reddito e sul patrimonio, e negoziando con l’AER eventuali piani di rientro personalizzati. In presenza di più debiti (cartelle, accertamenti, avvisi di addebito INPS), è possibile presentare un’unica domanda di rateizzazione per l’intera esposizione.

3.6 Soluzioni stragiudiziali: transazione fiscale e negoziazione assistita

Le procedure di sovraindebitamento e di composizione negoziata della crisi consentono, in determinati casi, di ridurre o dilazionare i debiti fiscali. L’Avv. Monardo, in quanto Gestore della Crisi e professionista fiduciario di un OCC, può assistere i debitori in:

• Piani del consumatore e accordi di ristrutturazione ai sensi del Codice della crisi d’impresa e dell’insolvenza, che consentono di proporre ai creditori (compresa l’Agenzia delle Entrate) una falcidia del debito e un pagamento rateale sostenibile.
• Procedura di liquidazione controllata e esdebitazione per persone sovraindebitate senza patrimonio, che consente la cancellazione del debito residuo al termine della procedura.
• Negoziazione assistita: prevista dal D.L. 118/2021, permette alle imprese in crisi di negoziare con i creditori, incluse le amministrazioni fiscali, sotto la supervisione di un esperto nominato. Lo Studio supporta la predisposizione del piano di risanamento e la trattativa con l’Agenzia.

4. Strumenti alternativi per risolvere il debito

Oltre alle difese tradizionali (chiarimenti, autotutela, ricorso), esistono strumenti alternativi e agevolazioni previste dalla legge che permettono di definire la posizione fiscale con costi e tempi ridotti. È importante verificare periodicamente se tali misure sono attive, perché spesso sono previste da leggi speciali o da provvedimenti temporanei.

4.1 Rottamazioni e definizioni agevolate

Negli ultimi anni il legislatore ha introdotto diverse forme di definizione agevolata delle cartelle di pagamento, note come “rottamazione”: rottamazione ter (D.L. 119/2018), rottamazione quater (Legge 197/2022) e, in passato, saldo e stralcio. Tali misure consentivano di pagare le somme dovute senza sanzioni e interessi di mora, oppure con sconti significativi, in un numero limitato di rate. Al 9 giugno 2026 non risulta attiva una rottamazione quinquies; pertanto, i contribuenti devono fare riferimento agli ordinari strumenti di rateizzazione e ravvedimento.

Tuttavia, il governo potrebbe istituire nuove definizioni; per questo lo Studio monitora costantemente le novità normative. Qualora venga pubblicata una nuova rottamazione, verranno avvisati i clienti in modo che possano aderirvi tempestivamente.

4.2 Transazione fiscale nell’ambito della crisi d’impresa

La transazione fiscale prevista dal Codice della crisi d’impresa consente al debitore di proporre all’Agenzia delle Entrate un pagamento parziale dei tributi nella percentuale che risulta dal piano di ristrutturazione. L’autorità può accettare se il piano offre un risultato migliore rispetto alla liquidazione del patrimonio. Lo Studio Monardo, grazie alla competenza nel diritto fallimentare e nella crisi d’impresa, assiste le aziende nell’elaborazione del piano, nella predisposizione dell’attestazione di fattibilità e nella negoziazione con l’Agenzia.

4.3 Istituti di composizione della crisi da sovraindebitamento

Le persone fisiche e le microimprese possono accedere ai procedimenti di composizione della crisi da sovraindebitamento, previsti dalla L. 3/2012 (oggi incorporata nel Codice della crisi d’impresa). Questi procedimenti (accordo di composizione, piano del consumatore, liquidazione controllata ed esdebitazione) consentono di falcidiare i debiti fiscali, compresi quelli derivanti da avvisi bonari e cartelle. Lo Studio, in qualità di Gestore della Crisi e professionista fiduciario di un OCC, aiuta a redigere l’istanza e a negoziare le percentuali con l’Agenzia delle Entrate.

4.4 Compensazione dei crediti e utilizzo di bonus

Un’altra possibilità è la compensazione verticale o orizzontale dei crediti d’imposta (IVA, IRES, IRAP) con i debiti emersi dalla lettera di compliance. Se il contribuente ha crediti fiscali certificati, può utilizzarli nel modello F24 per estinguere in tutto o in parte il debito. È necessario, però, verificare che i crediti siano liberamente compensabili e non vi siano sospensioni o vincoli. La compensazione orizzontale deve essere effettuata tramite F24 telematico con l’indicazione del codice tributo e dell’anno di riferimento.

5. Errori comuni e consigli pratici

Affrontare una lettera di compliance per fatture duplicate richiede attenzione. Alcuni errori ricorrenti possono compromettere la difesa o determinare il pagamento di somme non dovute. Ecco i più frequenti e i consigli per evitarli:

1. Ignorare la comunicazione: molti contribuenti trascurano la lettera di compliance perché la ritengono un semplice sollecito. In realtà, se non si risponde o non si paga entro i termini, l’importo verrà iscritto a ruolo con sanzioni e interessi più elevati.
2. Non verificare i dati: è essenziale confrontare i dati riportati nella lettera con quelli dei registri IVA e delle fatture. Le duplicazioni possono essere frutto di errori dell’Agenzia o di trasmissioni errate, come riconosciuto nell’avviso all’utenza del 26 novembre 2026 .
3. Evitare di registrare le fatture duplicate: alcuni operatori, nel timore di commettere un errore, non registrano la seconda fattura. Questo comportamento è sbagliato: entrambe le fatture devono essere registrate nei registri IVA prima di procedere allo storno.
4. Omettere la nota di variazione: la nota di variazione è l’unico strumento che consente di recuperare l’IVA indebitamente versata. Senza la nota, l’IVA resta a debito e l’anomalia non viene sanata .
5. Utilizzare codici errati nel F24: per il pagamento o la compensazione è indispensabile indicare i codici tributo corretti (ad esempio, 8911 per l’IVA da ravvedimento). Codici errati possono generare ulteriori irregolarità.
6. Rivolgersi a consulenti non specializzati: la materia tributaria è complessa. Affidarsi a professionisti con competenze generiche può portare a errori nella redazione delle note, nella gestione dei termini o nelle impugnazioni. Lo Studio Monardo mette a disposizione un team di avvocati e commercialisti specializzati per garantire una difesa efficace.

Per evitare questi errori, è consigliabile attivarsi immediatamente e seguire le procedure illustrate. La tempestività e la precisione sono elementi chiave per risolvere l’anomalia.

6. Tabelle riepilogative

Le tabelle seguenti sintetizzano le principali norme, i termini e gli strumenti difensivi trattati. Le informazioni sono organizzate in modo da facilitare la consultazione rapida.

6.1 Norme principali e funzioni

Norma (articolo)	Contenuto essenziale	Riferimenti normativi
Art. 26 D.P.R. 633/1972	Regola le variazioni dell’imponibile o dell’imposta. Consente l’emissione di note di variazione in diminuzione in caso di nullità, annullamento, revoca, risoluzione o rescissione. Applicabile anche all’errore di duplicazione della fattura .	Art. 26, commi 1-3, D.P.R. 633/1972; risposte n. 395/2019 e n. 447/2023
Art. 36‑bis D.P.R. 600/1973	Prevede la liquidazione automatizzata delle imposte; l’amministrazione corregge errori di calcolo, verifica detrazioni e comunica l’esito al contribuente. Il contribuente ha 30 giorni (60 dal 1/1/2025) per fornire chiarimenti e beneficia di sanzioni ridotte .	Art. 36‑bis, commi 1-3, D.P.R. 600/1973
Art. 54‑bis D.P.R. 633/1972	Dispone la liquidazione IVA con procedure automatizzate e prevede la comunicazione dell’esito al contribuente che può fornire chiarimenti entro 30 giorni (60 dal 1/1/2025)【149691291411759†L109-L145】.	Art. 54‑bis D.P.R. 633/1972
Art. 6 e 6‑bis L. 212/2000	Garantisce il diritto del contribuente alla conoscenza degli atti e a essere informato di ogni circostanza che comporti sanzioni; introduce il contraddittorio preventivo di 60 giorni per gli atti impugnabili . Esclude gli atti automatizzati dall’obbligo di contraddittorio .	Art. 6 e 6‑bis L. 212/2000
Art. 13 D.Lgs. 472/1997	Regola il ravvedimento operoso: consente di sanare violazioni pagando imposta, interessi e sanzioni ridotte (1/10 se pagato entro 30 giorni, 1/9 entro 90 giorni, ecc.) . Ammesso anche dopo la comunicazione di irregolarità .	Art. 13 D.Lgs. 472/1997
Art. 3‑bis D.Lgs. 462/1997	Consente di pagare le somme dovute dopo i controlli automatici in un massimo di 20 rate trimestrali; la prima rata va versata entro 60 giorni .	Art. 3‑bis D.Lgs. 462/1997
Cassazione n. 6248/2024	Stabilisce la nullità della cartella se manca la comunicazione di irregolarità e riconosce la riduzione delle sanzioni al 10 % .	Cass. 6248/2024
Cassazione n. 18078/2024	Ritiene legittima la cartella per mancato versamento di somme dichiarate anche senza comunicazione, ma conferma la necessità di comunicare le irregolarità sulle dichiarazioni .	Cass. 18078/2024
Cassazione nn. 3466/2021, 31630/2024, ordinanza 7226/2026	Riconoscono che l’impugnazione dell’avviso bonario è una facoltà e non un onere, consentendo di impugnare direttamente la cartella .	Cass. 3466/2021, Cass. 31630/2024, ord. 7226/2026

6.2 Termini e scadenze principali

Fase	Termine ordinario (fino al 31 dicembre 2024)	Termine vigente (dal 1° gennaio 2025)	Riferimento
Presentazione dei chiarimenti all’Agenzia delle Entrate	30 giorni dalla notifica della comunicazione	60 giorni dalla notifica	Art. 36‑bis D.P.R. 600/1973; art. 54‑bis D.P.R. 633/1972
Pagamento o rateizzazione dopo avviso bonario	30 giorni per pagare in misura ridotta	60 giorni per pagare o versare la prima rata	D.Lgs. 108/2024, art. 3‑bis D.Lgs. 462/1997
Sospensione feriale	1°–31 agosto e 1°–31 dicembre: i termini sono sospesi	Invariato	D.Lgs. 108/2024
Impugnazione della cartella di pagamento	60 giorni dalla notifica	Invariato	Art. 19 D.Lgs. 546/1992
Ravvedimento operoso riduzione 1/10	Entro 30 giorni dalla violazione	Invariato	Art. 13 D.Lgs. 472/1997
Rateizzazione ex art. 3‑bis D.Lgs. 462/1997	Fino a 20 rate trimestrali, prima rata entro 30 giorni	Fino a 20 rate, prima rata entro 60 giorni	Art. 3‑bis D.Lgs. 462/1997

6.3 Strumenti difensivi

Strumento	Descrizione	Punti di forza
Chiarimento / istanza di autotutela	Presentazione di osservazioni all’Agenzia entro 60 giorni, con allegazione di fatture, ricevute SdI e motivazione. Può portare all’archiviazione dell’anomalia o alla riduzione dell’importo.	Rapidità, nessun costo giudiziario, possibilità di sanare l’irregolarità senza contenzioso.
Nota di variazione (note di credito)	Emissione di documento fiscale che storna la fattura duplicata con causale “storno totale della fattura per errato invio tramite SdI”.	Permette di recuperare l’IVA indebitamente versata, evita ulteriori sanzioni; possibile nota cumulativa.
Ravvedimento operoso	Pagamento spontaneo dell’imposta e degli interessi con sanzioni ridotte (1/10 fino a 30 giorni, 1/9 fino a 90 giorni, ecc.) .	Riduzione significativa delle sanzioni; ammissibile anche dopo la comunicazione di irregolarità.
Rateizzazione	Pagamento dell’importo dovuto in massimo 20 rate trimestrali, prima rata entro 60 giorni .	Consente di dilazionare il debito e gestire il cash flow; tasso di interesse legale.
Ricorso contro l’avviso bonario	Impugnazione facoltativa per vizi propri (motivazione, notifica, erronea duplicazione); consente al giudice di annullare l’avviso.	Permette di bloccare in via preventiva la pretesa; può accelerare la definizione della controversia.
Ricorso contro la cartella di pagamento	Impugnazione obbligatoria dell’atto impositivo; consente di contestare i vizi della comunicazione e della cartella.	Strumento principale per difendersi; possibilità di sospensione cautelare.

7. Domande e risposte frequenti (FAQ)

Di seguito si riportano le principali domande che riceviamo dai contribuenti in merito alle lettere di compliance per fatture duplicate. Le risposte sono formulate con un linguaggio chiaro e sintetico per facilitare la comprensione.

1. Cos’è una lettera di compliance?
   È una comunicazione inviata dall’Agenzia delle Entrate per segnalare possibili irregolarità emerse dai controlli automatizzati o formali sulle dichiarazioni e sui dati delle fatture elettroniche. Non è un atto impositivo ma un invito a regolarizzare la posizione entro un termine prestabilito .
2. Perché ho ricevuto una lettera di compliance per fatture duplicate?
   Probabilmente il sistema ha rilevato la presenza di due fatture relative alla stessa operazione. La duplicazione può derivare da errori di invio al Sistema di interscambio (SdI), da differenze di nomenclatura tra file o da incomprensioni con l’intermediario. È necessario verificare la posizione e, se del caso, emettere una nota di variazione .
3. La lettera di compliance è obbligatoria?
   La comunicazione di irregolarità è prevista dagli artt. 36‑bis D.P.R. 600/1973 e 54‑bis D.P.R. 633/1972 e serve a evitare errori reiterati. La Corte di Cassazione ha stabilito che la sua omissione rende nulla la cartella di pagamento , tranne nei casi in cui l’anomalia riguarda il mancato versamento di somme già dichiarate .
4. Devo impugnare la lettera di compliance?
   L’impugnazione è facoltativa. Secondo la Cassazione, la lettera può essere impugnata per vizi propri, ma il contribuente può anche attendere la cartella e impugnare quest’ultima . In ogni caso, è consigliabile presentare almeno un chiarimento o un’istanza di autotutela.
5. Qual è il termine per rispondere alla lettera?
   Dal 1° gennaio 2025 il termine è di 60 giorni dalla ricezione della comunicazione. Entro questo termine è possibile fornire chiarimenti, pagare l’importo dovuto con sanzioni ridotte o richiedere la rateizzazione.
6. Come posso dimostrare che la fattura è stata duplicata?
   Occorre allegare alla risposta le fatture originali e duplicate in formato XML, le ricevute di trasmissione e i messaggi di scarto o di accettazione dello SdI. È utile anche un prospetto riepilogativo che dimostri che le fatture riguardano la stessa operazione e che non c’è un maggior imponibile.
7. Cosa succede se non rispondo alla lettera?
   Se non si forniscono chiarimenti né si paga l’importo dovuto entro il termine, l’Agenzia procederà all’iscrizione a ruolo della somma con sanzioni più elevate (30 % per il controllo automatico) e verrà emessa una cartella di pagamento. La mancanza di risposta può anche precludere alcune agevolazioni sulla sanzione.
8. Quali sanzioni si applicano se pago dopo il termine?
   Se si paga dopo il termine di 60 giorni, non si beneficia della riduzione (10 % o 20 %). La sanzione torna al 30 % (o 40 % per il controllo formale) e vengono applicati interessi di mora. È comunque possibile chiedere la rateizzazione dopo l’iscrizione a ruolo.
9. È possibile sanare la duplicazione con il ravvedimento operoso?
   Sì. L’art. 13 D.Lgs. 472/1997 consente di pagare spontaneamente l’imposta dovuta e gli interessi beneficiando di sanzioni ridotte. Il ravvedimento è ammesso anche dopo la ricezione della comunicazione .
10. Come si compila la nota di variazione?
    La nota di variazione deve riportare gli estremi della fattura duplicata, l’imponibile e l’IVA da stornare e la causale “storno totale della fattura per errato invio tramite SdI”. Deve essere registrata nei registri IVA e conservata con la fattura originale.
11. Posso emettere una nota di variazione cumulativa?
    Sì. L’Agenzia delle Entrate ha chiarito che, se le fatture duplicate hanno lo stesso codice IVA, si può emettere una nota di variazione cumulativa a condizione che siano indicati gli estremi di tutte le fatture da stornare.
12. Cosa succede se il cliente ha già detratto l’IVA sulla fattura duplicata?
    Il cliente dovrà rettificare la detrazione e, se ha già presentato la dichiarazione IVA, potrebbe dover integrare la dichiarazione o utilizzare il ravvedimento operoso. La nota di variazione emessa dal fornitore non deve essere registrata dal cliente ai fini IVA.
13. Posso compensare il debito con crediti d’imposta?
    Sì, è possibile utilizzare crediti d’imposta disponibili per compensare il debito derivante dalla comunicazione. La compensazione deve avvenire tramite modello F24 telematico con i codici tributo indicati nella comunicazione. È necessario verificare la disponibilità e la compensabilità dei crediti.
14. Se pago in rate e poi vinco il ricorso, recupero le somme versate?
    Se il giudice annulla il debito o riduce l’importo, il contribuente ha diritto al rimborso delle somme versate in eccesso, comprese le sanzioni e gli interessi. È necessario presentare un’istanza di rimborso all’Agenzia delle Entrate o all’Agenzia delle Entrate‑Riscossione.
15. L’Agenzia può commettere errori nelle lettere di compliance?
    Sì. L’avviso all’utenza del 26 novembre 2026 ha confermato che alcune lettere di compliance non tenevano conto di tutte le bollette doganali e che l’Agenzia si è impegnata a correggere gli errori . Per questo è importante verificare i dati e, se necessario, chiedere chiarimenti tramite il canale Civis.
16. Le note di variazione devono essere emesse entro un anno?
    Generalmente, le note di variazione devono essere emesse entro un anno dall’emissione della fattura. Tuttavia, quando la variazione deriva da nullità, annullamento, revoca o errori assimilati (come la duplicazione), è possibile emetterle anche oltre un anno .
17. Come incidono i termini di sospensione feriale?
    I termini per presentare chiarimenti o pagare sono sospesi dal 1° al 31 agosto e dal 1° al 31 dicembre. Durante queste sospensioni non decorrono i giorni per il conteggio del termine; i termini riprendono a decorrere dal giorno successivo alla sospensione.
18. Cosa accade se il ravvedimento avviene prima della ricezione della lettera?
    Se si sanano le violazioni prima della comunicazione, ad esempio emettendo la nota di variazione e pagando l’imposta con ravvedimento, la successiva comunicazione dell’Agenzia potrebbe essere infondata. È importante conservare la documentazione che dimostra l’avvenuta regolarizzazione.
19. Posso rateizzare le sanzioni ridotte?
    Sì. Le sanzioni ridotte possono essere incluse nella rateizzazione prevista dall’art. 3‑bis D.Lgs. 462/1997. La prima rata deve essere versata entro 60 giorni e le successive rate trimestrali comprendono anche la quota parte delle sanzioni e degli interessi .
20. In quali casi conviene impugnare l’avviso bonario?
    Conviene impugnare l’avviso quando presenta vizi formali evidenti (ad esempio, mancanza di motivazione o notifica irregolare), quando si vuole bloccare i termini di decadenza o quando l’importo è elevato. Tuttavia, la giurisprudenza ritiene che l’impugnazione sia una facoltà e non un onere . In molti casi è preferibile presentare prima un chiarimento o un’istanza di autotutela.

8. Simulazioni pratiche e casi numerici

Per comprendere meglio le implicazioni delle lettere di compliance per fatture duplicate, proponiamo due simulazioni che illustrano le principali fasi della procedura.

8.1 Caso A: duplicazione di fattura con IVA 22 %

Scenario: un artigiano emette il 5 maggio 2025 una fattura elettronica di € 1 000 + IVA 22 % per una prestazione di servizi. A causa di un errore del gestionale, lo stesso documento viene trasmesso nuovamente allo SdI il 10 maggio, con numero progressivo differente. Entrambe le fatture vengono registrate nel registro IVA vendite. Il cliente paga una sola fattura il 20 giugno 2025.

Lettera di compliance: ad aprile 2026 l’Agenzia invia una comunicazione di irregolarità, segnalando che per l’anno 2025 risultano due fatture per la stessa operazione. L’anomalia genera un maggior imponibile di € 1 000 e un maggior debito IVA di € 220.

Procedura:

1. Verifica e documentazione: l’artigiano verifica i registri e conferma che la seconda fattura è un duplicato. Recupera i file XML con i codici SdI e le ricevute di trasmissione.
2. Nota di variazione: emette una nota di variazione in data 15 aprile 2026 con causale “storno totale della fattura per errato invio tramite SdI” e importo imponibile –€ 1 000, IVA –€ 220. La nota fa riferimento alla fattura duplicata del 10 maggio. Registra la nota nei registri IVA di aprile 2026.
3. Chiarimento: invia all’Agenzia una risposta via PEC entro 30 giorni (oppure 60 giorni se la comunicazione è stata ricevuta nel 2026 dopo l’entrata in vigore del D.Lgs. 108/2024). Allega la nota di variazione e i documenti di trasmissione, spiegando l’errore.
4. Esito: l’Agenzia prende atto della nota di variazione e archivia l’anomalia. Non viene emessa alcuna cartella. L’artigiano recupera l’IVA di € 220 nella liquidazione IVA di aprile 2026.

Analisi: in questo caso la tempestività nella registrazione della nota di variazione e nella risposta alla comunicazione ha evitato l’iscrizione a ruolo. Poiché la nota è stata emessa oltre l’anno dall’emissione della fattura originaria, il contribuente si è avvalso dell’interpretazione secondo cui l’errore di duplicazione è assimilabile alla nullità del contratto.

8.2 Caso B: duplicazione con IVA detratta dal cliente

Scenario: una società di consulenza emette il 10 luglio 2024 una fattura di € 5 000 + IVA 22 % per una prestazione. A causa di un errore, la fattura viene inviata due volte con codici SdI diversi. Il cliente registra entrambe le fatture e detrae l’IVA doppia nella propria dichiarazione IVA 2024. La società versa l’IVA una sola volta (1 100 €) ma riceve la differenza nella liquidazione successiva.

Lettera di compliance: a giugno 2025 la società riceve la lettera di compliance che evidenzia la duplicazione e calcola un maggior debito IVA di € 1 100 (imposta su € 5 000) e sanzioni del 10 %.

Procedura:

1. Verifica: la società verifica i registri e conferma che la seconda fattura è un duplicato. Contatta il cliente per verificare se ha detratto due volte l’IVA.
2. Chiarimento comune: società e cliente concordano una strategia coordinata. La società emette una nota di variazione cumulativa per stornare la fattura duplicata e la invia al cliente. Il cliente, avendo detratto l’IVA in eccesso, si impegna a regolarizzare la detrazione tramite ravvedimento operoso nella propria dichiarazione 2025.
3. Risposta all’Agenzia: la società invia all’Agenzia una risposta entro il termine, allegando la nota di variazione e dimostrando che l’IVA è stata correttamente versata una sola volta. Chiede l’archiviazione dell’anomalia.
4. Ravvedimento del cliente: il cliente presenta la dichiarazione integrativa e paga la differenza d’imposta e gli interessi con ravvedimento operoso (sanzione ridotta a 1/8). Fornisce all’Agenzia la prova del ravvedimento.
5. Esito: l’Agenzia riconosce l’errore di duplicazione e, visto che il cliente ha regolarizzato la detrazione, archivia la pratica. La società non riceve alcuna sanzione.

Analisi: il caso dimostra l’importanza del coordinamento tra fornitore e cliente. Senza una regolarizzazione tempestiva da parte del cliente, la duplicazione avrebbe generato un debito reale. Attraverso la nota di variazione e il ravvedimento operoso del cliente, è stato evitato il contenzioso.

9. Prevenzione delle duplicazioni e best practice nella fatturazione elettronica

Il modo più efficace per evitare di ricevere una lettera di compliance per fatture duplicate è prevenire l’errore alla fonte. La digitalizzazione dei processi contabili e il passaggio alla fatturazione elettronica hanno introdotto nuovi vantaggi, ma anche nuove criticità che richiedono attenzione. Una gestione corretta delle fatture riduce il rischio di duplicazioni e di contestazioni da parte dell’Agenzia delle Entrate. Di seguito vengono illustrate alcune raccomandazioni operative.

9.1 Utilizzo di software gestionali certificati

L’emissione di fatture elettroniche avviene attraverso software gestionali o servizi online che generano il file XML e lo inviano allo SdI. È essenziale utilizzare software affidabili che garantiscano la corretta numerazione, l’associazione univoca di ciascuna fattura e la gestione degli esiti dello SdI. Le principali funzionalità da verificare sono:

• Numerazione automatica progressiva: il software deve impedire la generazione di numeri duplicati e segnalare eventuali lacune nella numerazione. È consigliabile attivare il blocco di emissione se il numero è già stato utilizzato.
• Ricezione e archiviazione degli esiti: il sistema deve conservare le ricevute di consegna e di scarto provenienti dallo SdI, in modo che l’operatore possa verificare immediatamente se una fattura è stata accettata o rifiutata e, in caso di scarto, procedere con la correzione.
• Integrazione con i registri contabili: l’integrazione tra fatturazione elettronica e contabilità evita che la registrazione venga effettuata due volte o venga dimenticata. Un gestionale che aggiorna automaticamente i registri IVA riduce gli errori di imputazione.

9.2 Controllo interno e formazione del personale

Un’altra area critica è la gestione del flusso di fatturazione all’interno dell’azienda. Spesso le duplicazioni derivano da errori umani: invii multipli della stessa fattura, confusione tra il documento cartaceo e quello elettronico o mancate comunicazioni tra l’operatore e l’intermediario. Per prevenire questi errori si suggerisce di:

• Definire procedure interne: stabilire passaggi chiari per l’emissione, l’invio allo SdI, la ricezione dell’esito e la registrazione nei registri IVA. Ogni passaggio dovrebbe essere documentato in un manuale di procedure a disposizione del personale.
• Assegnare responsabilità: individuare una o più figure responsabili per la fatturazione e la verifica degli esiti. La separazione delle funzioni (emissione, controllo, registrazione) riduce il rischio di errori.
• Formare il personale: organizzare corsi periodici di aggiornamento sulla normativa IVA, sulle novità della fatturazione elettronica e sul funzionamento dello SdI. La formazione dovrebbe coprire anche l’utilizzo del gestionale e la gestione dei messaggi di scarto.

9.3 Monitoraggio continuo e riconciliazione periodica

Per prevenire duplicazioni e altre anomalie è utile effettuare un monitoraggio continuo dei flussi di fatturazione. Questa attività comprende:

• Verifica mensile della numerazione: confrontare i numeri di fattura emessi con quelli registrati e individuare eventuali numeri mancanti o duplicati.
• Riconciliazione tra file XML e registri IVA: almeno una volta al trimestre, confrontare le fatture elettroniche inviate con le registrazioni contabili. In caso di discrepanze, individuare subito la causa e correggerla.
• Controllo dei messaggi di scarto: il SdI invia comunicazioni di scarto quando la fattura non viene accettata. È fondamentale esaminare questi messaggi e correggere gli errori. Spesso le duplicazioni derivano dal fatto che l’operatore non ha visto che la fattura originaria era stata scartata e ne ha emessa un’altra con numero diverso.

9.4 Coordinamento con i clienti e fornitori

Le duplicazioni possono essere evitate anche grazie alla collaborazione con i destinatari delle fatture. Si suggerisce di:

• Comunicare tempestivamente gli scarti: se la fattura inviata è stata scartata, informare immediatamente il cliente e inviare la fattura corretta.
• Verificare l’accettazione del cliente: monitorare i messaggi di consegna e assicurarsi che il cliente abbia ricevuto e accettato la fattura. Se il cliente non accetta o rifiuta la fattura per errore, l’operatore può inviarla nuovamente con lo stesso numero.
• Preavviso in caso di note di variazione: quando si emette una nota di variazione per correggere una duplicazione, avvisare il cliente che non dovrà detrarre l’IVA della nota, ma solo quella della fattura originaria.

9.5 Adeguamento alle novità normative 2026

Al 2026, la fatturazione elettronica e i corrispettivi telematici sono stati ulteriormente evoluti: dal 15 maggio 2026 è entrato in vigore un nuovo tracciato XML per la fattura elettronica, che include campi aggiuntivi per la gestione dei pagamenti dilazionati e per l’indicazione dei dati bancari . I contribuenti devono adeguare i propri sistemi e assicurarsi di compilare correttamente i nuovi campi per evitare scarti. Inoltre, la memorizzazione e trasmissione dei corrispettivi telematici prevede l’abbinamento dei dati con le fatture elettroniche, al fine di ridurre le evasioni; dal 1° gennaio 2026 è disponibile una procedura web per l’abbinamento che consente ai contribuenti di consultare gli incassi memorizzati e abbinare i corrispettivi con le fatture .

9.6 Tabella delle best practice

Attività preventiva	Azione consigliata	Beneficio
Utilizzo di software gestionali aggiornati	Adottare programmi che impediscono numeri duplicati e gestiscono le ricevute SdI.	Riduce gli errori di numerazione e consente la tracciabilità dei documenti.
Procedure interne documentate	Redigere un manuale di procedure per emissione, invio, ricezione e registrazione.	Aumenta la consapevolezza del personale e riduce gli errori umani.
Formazione continua	Organizzare corsi su normativa IVA, funzionamento SdI e uso del gestionale.	Migliora le competenze del personale e riduce la probabilità di duplicazioni.
Riconciliazione periodica	Confrontare mensilmente o trimestralmente le fatture inviate con le registrazioni contabili.	Intercetta rapidamente le duplicazioni e consente correzioni tempestive.
Collaborazione con clienti	Informare i clienti degli scarti, verificare l’accettazione e concordare note di variazione.	Riduce le contestazioni e garantisce la corretta detrazione dell’IVA.
Aggiornamento sulle novità normative	Monitorare i provvedimenti e adeguare i sistemi (nuovo tracciato XML, abbinamento corrispettivi).	Evita scarti dovuti alla non conformità ai requisiti tecnici più recenti.

10. Domande aggiuntive

Per completare la panoramica, rispondiamo ad altre domande frequenti che riguardano la prevenzione, la gestione e le novità normative relative alle fatture duplicate.

1. Cosa devo fare se il software gestionale ha creato due file con lo stesso numero di fattura?
   In questo caso occorre verificare quale file è stato effettivamente inviato allo SdI e quale no. Si deve registrare solo la fattura validamente trasmessa, mentre l’altra va annullata. Se entrambe sono state inviate e accettate, si applica la procedura per la duplicazione: registrazione di entrambe e successiva nota di variazione per stornare la duplicata.
2. La numerazione delle fatture può essere alfanumerica per evitare duplicazioni?
   Sì. L’Agenzia delle Entrate consente numerazioni alfanumeriche (ad esempio, 2026/INV-001) a condizione che la numerazione sia progressiva e senza salti. Una numerazione strutturata aiuta a distinguere le fatture di diversi reparti o tipologie e riduce il rischio di duplicazioni accidentali.
3. Il nuovo tracciato XML 2026 influirà sulla gestione delle duplicazioni?
   Il tracciato XML in vigore dal 15 maggio 2026 introduce nuovi campi relativi ai dati di pagamento e all’identificazione del documento. Un compilazione corretta riduce gli scarti e migliora la tracciabilità. Tuttavia, la gestione delle duplicazioni resta legata alla corretta numerazione e al controllo degli invii .
4. Devo conservare anche i messaggi di scarto e di consegna dello SdI?
   Sì. I messaggi di scarto e di consegna costituiscono prova dell’invio e dell’accettazione della fattura. Nel caso di duplicazioni, sono indispensabili per dimostrare che un file è stato scartato e che l’invio successivo è stato accettato. Devono essere conservati secondo i termini di conservazione dei documenti fiscali.
5. Cosa succede se l’avviso bonario mi richiede una somma già pagata con la rottamazione quater?
   È possibile che l’Agenzia delle Entrate non abbia ancora aggiornato i propri archivi. In tal caso occorre allegare alla risposta la prova del pagamento effettuato tramite la rottamazione e chiedere l’annullamento dell’anomalia. Se la rottamazione riguarda annualità diverse da quelle indicate nella comunicazione, occorre verificare se l’importo sia dovuto per altri motivi.

Conclusione

La lettera di compliance per fatture duplicate è un’opportunità per correggere errori senza incorrere in sanzioni e contenzioso. La normativa (artt. 36‑bis D.P.R. 600/1973, 54‑bis D.P.R. 633/1972, art. 26 D.P.R. 633/1972) e la giurisprudenza recente riconoscono l’importanza di informare il contribuente e di garantire un contraddittorio anche nei controlli automatizzati . Le modifiche introdotte dal D.Lgs. 108/2024 hanno esteso i termini a 60 giorni e ridotto le sanzioni, aumentando l’efficacia delle comunicazioni.

Per il contribuente, il segreto è agire tempestivamente: verificare i dati, raccogliere la documentazione, emettere le note di variazione e inviare i chiarimenti entro i termini. In presenza di errori dell’Agenzia, è possibile chiedere l’archiviazione dell’anomalia; se il debito è reale, si possono utilizzare il ravvedimento, la rateizzazione e, se disponibili, le definizioni agevolate. L’impugnazione dell’avviso bonario è una facoltà da valutare con l’assistenza di un professionista, mentre il ricorso contro la cartella resta l’arma principale per difendersi.

Lo Studio legale dell’Avv. Giuseppe Angelo Monardo offre un supporto completo e personalizzato: analisi tecnica delle fatture, predisposizione dei chiarimenti, emissione di note di variazione, impugnazioni e rateizzazioni.

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