Introduzione

L’accertamento fiscale nei confronti di un laboratorio di analisi è un evento che può mettere a rischio la stabilità economica di un’impresa sanitaria. Una verifica tributaria, se non gestita con tempestività e competenza, può sfociare in sanzioni pesanti, recuperi d’imposta, contestazioni su IVA e IRAP e perfino in procedure esecutive che minacciano la continuità aziendale. Gli errori più comuni sono la sottovalutazione della fase di pre‑accertamento, il mancato rispetto dei termini per presentare memorie difensive, l’assenza di documentazione contabile adeguata e la mancanza di una strategia di difesa costruita sulle peculiarità del settore sanitario.

Alla base di un accertamento correttamente gestito vi è la conoscenza del quadro normativo: le esenzioni IVA per le prestazioni sanitarie di diagnosi e cura e la corretta determinazione della base imponibile IRAP; i poteri degli uffici fiscali e i diritti del contribuente durante ispezioni e accessi; le presunzioni legali derivanti da indagini bancarie e l’inversione dell’onere della prova; le procedure per impugnare l’atto, sospendere la riscossione e accedere a strumenti deflattivi come l’accertamento con adesione o le definizioni agevolate.

In questa guida aggiornata a dicembre 2025 verranno analizzate le norme di riferimento (leggi, decreti, circolari), le più recenti sentenze della Corte di Cassazione e della Corte costituzionale, le procedure operative e le migliori strategie difensive. L’obiettivo è fornire ai titolari di laboratori di analisi e ai professionisti che li assistono strumenti concreti per difendersi subito e bene da un accertamento fiscale.

La competenza dell’Avv. Giuseppe Angelo Monardo e del suo staff

Per affrontare un accertamento fiscale in modo efficace è fondamentale affidarsi a professionisti specializzati. L’Avv. Giuseppe Angelo Monardo, cassazionista con esperienza ventennale in diritto tributario e bancario, coordina un team multidisciplinare di avvocati e commercialisti presenti su tutto il territorio nazionale. L’avvocato è Gestore della crisi da sovraindebitamento ai sensi della Legge 3/2012, iscritto negli elenchi del Ministero della Giustizia; è inoltre professionista fiduciario di un Organismo di Composizione della Crisi (OCC) e Esperto negoziatore della crisi d’impresa ex D.L. 118/2021.

Lo studio Monardo assiste il contribuente in tutte le fasi dell’accertamento: analisi dell’atto e della motivazione, richiesta di documenti e accesso al fascicolo, predisposizione di ricorsi innanzi alle Corti di giustizia tributaria, istanze di sospensione delle somme iscritte a ruolo e trattative per l’adesione o il pagamento rateale. Quando necessario, il team propone piani di ristrutturazione dei debiti (piano del consumatore o accordo di ristrutturazione) e soluzioni giudiziali e stragiudiziali per bloccare pignoramenti, ipoteche e fermi amministrativi.

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1 Contesto normativo e giurisprudenziale

1.1 Esenzione IVA per le prestazioni sanitarie

I laboratori di analisi operano nel settore sanitario e, di norma, erogano prestazioni di diagnosi e refertazione. L’art. 10, comma 1, n. 18 del D.P.R. 633/1972 (Testo Unico IVA) dispone che sono esenti da imposta sul valore aggiunto «le prestazioni sanitarie di diagnosi, cura e riabilitazione rese alla persona nell’esercizio delle professioni sanitarie soggette a vigilanza» . L’esenzione riguarda quindi gli esami di laboratorio svolti da strutture autorizzate e comporta che tali prestazioni non debbano essere assoggettate a IVA.

È importante verificare che l’attività rientri effettivamente nel perimetro delle prestazioni di diagnosi, cura e riabilitazione. La Corte di cassazione, con ordinanza n. 18910/2024, ha ribadito che l’esenzione si applica solo quando la prestazione ha uno scopo terapeutico; se l’attività risponde ad altri fini (es. perizia medica richiesta per motivi legali o assicurativi), l’IVA è dovuta . Di conseguenza, i laboratori devono verificare con attenzione le tipologie di esame eseguite e separare i corrispettivi di eventuali servizi non terapeutici.

1.2 Determinatione della base imponibile IRAP

L’IRAP (Imposta Regionale sulle Attività Produttive) grava sui laboratori di analisi in quanto imprese che svolgono attività commerciale o professionale. La base imponibile è disciplinata dall’art. 5 del D.Lgs. 446/1997: per i soggetti IRPEF, l’imponibile corrisponde alla differenza tra il valore della produzione (ricavi e proventi) e i costi classificati alle lettere a) a e) dell’art. 2425 del codice civile . I costi per il personale dipendente sono deducibili entro certi limiti, ma i compensi ai titolari di lavoro autonomo (laboratori individuali) non lo sono; questo genera spesso contestazioni sulle spese relative ai collaboratori o ai professionisti utilizzati per analisi specialistiche.

Per i lavoratori autonomi e le società di persone, la Corte costituzionale (sentenza n. 228/2014) ha dichiarato l’illegittimità della presunzione che considerava prelevamenti bancari non giustificati come ricavi ai fini IRAP. Tuttavia, la Corte di cassazione continua a ribadire che i versamenti sui conti correnti di soggetti legati all’impresa costituiscono presunzione di ricavi se il contribuente non prova la loro estraneità all’attività economica .

1.3 Poteri dell’amministrazione finanziaria e diritti del contribuente

Le norme che disciplinano l’accertamento sono principalmente contenute nel D.P.R. 600/1973 (per le imposte sui redditi) e nel D.P.R. 633/1972 (per l’IVA), nonché nella Legge 27 luglio 2000, n. 212 (Statuto dei diritti del contribuente).

• Art. 32 D.P.R. 600/1973 – Poteri degli uffici. L’amministrazione può eseguire accessi, ispezioni e verifiche (art. 33), invitare il contribuente a comparire o a esibire documenti e inviare questionari . Inoltre, l’ufficio può richiedere dati e notizie a enti pubblici e istituti bancari e porli alla base dell’accertamento se il contribuente non dimostra di averne tenuto conto in dichiarazione .
• Art. 51 e 52 D.P.R. 633/1972. L’ufficio IVA può inviare questionari, chiedere documenti e dati e accedere a banche per acquisire movimentazioni finanziarie . Gli accessi nei locali aziendali devono essere autorizzati e, per le sedi che coincidono con abitazioni private, occorre l’autorizzazione del Procuratore della Repubblica . In presenza di documenti coperti da segreto professionale, l’autorizzazione deve essere specifica e successiva alla dichiarazione del contribuente .
• Art. 12 Statuto del contribuente. Tutti gli accessi devono essere motivati, svolti durante l’orario di apertura e con la minor turbativa possibile . Il contribuente ha diritto di essere informato delle ragioni della verifica, di farsi assistere da un professionista, di chiedere che l’esame dei documenti avvenga presso l’ufficio e di far annotare le proprie osservazioni nel verbale . La permanenza dei verificatori non può superare trenta giorni lavorativi prorogabili per altrettanti giorni in caso di particolare complessità . Il contribuente può rivolgersi al Garante se ritiene violati i suoi diritti .

1.4 Indagini bancarie e presunzioni legali

Uno degli strumenti più invasivi utilizzati dall’amministrazione finanziaria è l’accesso ai conti correnti. L’art. 32 D.P.R. 600/1973 e l’art. 51 D.P.R. 633/1972 prevedono che, previa autorizzazione del direttore regionale o del comandante regionale della Guardia di Finanza, l’ufficio possa acquisire dati, notizie e documenti relativi a qualsiasi rapporto bancario . Le movimentazioni non rilevate in contabilità e di importo superiore a 1.000 euro giornalieri o 5.000 euro mensili sono presunte ricavi, salvo indicazione del beneficiario .

La giurisprudenza ha stabilito che tale presunzione è legale e non necessita di requisiti di gravità, precisione e concordanza richiesti per le presunzioni semplici. L’ordinanza n. 12991/2025 ha ribadito che l’onere della prova si inverte: se l’accertamento si fonda su indagini bancarie, i dati emergenti dai conti soddisfano l’onere probatorio dell’amministrazione; spetta al contribuente dimostrare, con prova analitica per ogni operazione, che le movimentazioni non riguardano operazioni imponibili .

Al contrario, la mancanza o l’irregolarità dell’autorizzazione alle indagini bancarie non comporta automaticamente l’inutilizzabilità dei dati. L’ordinanza n. 27128/2025 ha chiarito che tale vizio produce nullità solo se determina una concreta lesione di un diritto costituzionale del contribuente .

1.5 Limiti all’accesso domiciliare e segreto professionale

Le verifiche fiscali presso i laboratori di analisi spesso interessano locali adibiti anche ad abitazione (in caso di professionisti). L’ordinanza n. 25049/2025 ha stabilito che, in presenza di accesso domiciliare, il giudice tributario deve verificare l’esistenza dei gravi indizi che hanno giustificato l’autorizzazione del procuratore della Repubblica e controllare se la motivazione è idonea. Qualora l’autorizzazione sia motivata per relationem (ossia mediante richiamo della richiesta dell’ufficio), l’amministrazione che vuole utilizzarne gli effetti deve produrre anche la richiesta, altrimenti l’autorizzazione e l’atto impositivo sono nulli . Questa pronuncia ha richiamato la sentenza della Corte Europea dei Diritti dell’Uomo del 6 febbraio 2025 (causa n. 36617/18), che ha censurato l’eccessiva discrezionalità degli accessi fiscali ai domicili.

Per i documenti coperti da segreto professionale (come le cartelle cliniche o referti medici), la Corte di cassazione ha sancito che l’autorizzazione non può essere generica né preventiva. L’ordinanza n. 16795/2025 ha affermato che l’autorizzazione all’esame di documenti riservati deve essere rilasciata dopo che il contribuente abbia formalmente opposto il segreto e deve riferirsi in modo specifico ai documenti stessi . In assenza di tali requisiti, l’acquisizione è invalida.

1.6 Estensione delle indagini ai conti di familiari e conviventi

Un ulteriore profilo delicato riguarda l’estensione delle indagini ai conti correnti dei familiari del titolare del laboratorio. La Cassazione (ord. n. 20816/2024) ha ritenuto legittima la presunzione di riferibilità al contribuente delle operazioni effettuate sul conto del coniuge se esiste un vincolo familiare e una collaborazione lavorativa . Tuttavia, la stessa decisione ha precisato che l’omessa allegazione dell’autorizzazione alle indagini non invalida l’accertamento salvo che il contribuente dimostri un concreto pregiudizio .

Per i conviventi, la Suprema Corte adotta criteri più restrittivi: l’ordinanza n. 7583/2025 ha stabilito che l’ufficio non può estendere automaticamente le presunzioni ai conti del convivente, ma deve dimostrare l’esistenza di uno stabile legame affettivo e di reciproca assistenza e altri elementi sintomatici come l’incongruità del reddito dichiarato o l’utilizzo dei conti per l’attività del contribuente . In assenza di tali presupposti, la presunzione non opera.

1.7 Termini di decadenza e garanzie procedurali

Il termine per notificare l’avviso di accertamento varia in base alla violazione: per l’IVA e le imposte dirette, l’amministrazione può notificare entro il 31 dicembre del quinto anno successivo a quello in cui è stata presentata la dichiarazione (ovvero del settimo anno se la dichiarazione è omessa). L’art. 43 del D.P.R. 600/1973 e l’art. 57 del D.P.R. 633/1972 prevedono la possibilità di proroga in caso di reato tributario; la Corte costituzionale ha confermato la legittimità di tali termini.

In materia di contraddittorio anticipato, la riforma del processo tributario (D.Lgs. n. 219/2023) ha introdotto l’obbligo per gli uffici di instaurare un confronto col contribuente prima di emanare l’avviso quando il procedimento si basa su documenti acquisiti senza la sua partecipazione. L’art. 12 dello Statuto del contribuente prevedeva un termine di 60 giorni per presentare osservazioni e richieste prima dell’emissione dell’atto; tale comma è stato abrogato nel 2023, ma continua a trovare applicazione per gli accessi iniziati prima dell’abrogazione .

1.8 Strumenti deflattivi e definizioni agevolate

Oltre al ricorso in Commissione tributaria (ora Corte di giustizia tributaria), il contribuente può accedere a strumenti che riducono o evitano il contenzioso:

• Accertamento con adesione (D.Lgs. 218/1997): consente di definire la pretesa fiscale con una riduzione delle sanzioni; l’istanza può essere presentata entro 60 giorni dalla notifica dell’avviso.
• Definizioni agevolate (rottamazioni): misure straordinarie che permettono di pagare i carichi affidati alla riscossione con stralcio di sanzioni e interessi. Nel 2024–2025 il legislatore ha introdotto diverse rottamazioni (legge di bilancio 2023, D.L. 124/2023, D.L. 145/2023), con scadenze ormai decorse; occorre monitorare eventuali nuove opportunità.
• Transazione fiscale e concordato preventivo (Codice della crisi d’impresa e dell’insolvenza).
• Piano del consumatore e accordo di ristrutturazione dei debiti (Legge 3/2012 e D.Lgs. 14/2019). Queste procedure consentono di ristrutturare i debiti tributari e previdenziali con falcidia e rateazione, previa approvazione del tribunale competente.

2 Procedura passo‑passo: dalla verifica all’impugnazione

2.1 Fase preliminare: questionario e invito a comparire

Un accertamento fiscale raramente arriva all’improvviso: spesso è preceduto da richieste di informazioni e documenti. L’ufficio può inviare questionari al laboratorio per chiarire determinati dati (art. 32 D.P.R. 600/1973 e art. 51 D.P.R. 633/1972). È fondamentale rispondere nei termini indicati, allegando la documentazione necessaria; risposte incomplete o non veritiere possono essere sanzionate e utilizzate per fondare la pretesa fiscale. Se l’ufficio convoca il contribuente per un contraddittorio anticipato, la presenza di un consulente esperto consente di chiarire le proprie posizioni ed evitare contestazioni successive.

2.2 Accessi, ispezioni e verifiche

Quando la Guardia di Finanza o l’Agenzia delle Entrate si presentano presso il laboratorio per un accesso, devono esibire l’autorizzazione e spiegare le ragioni della verifica . Nei laboratori, l’accesso può riguardare sia i locali in cui si svolge l’attività di analisi sia eventuali aree adibite ad abitazione; in quest’ultimo caso serve l’autorizzazione del Procuratore della Repubblica .

I verificatori possono esaminare la contabilità, acquisire copie di registri e documenti, richiedere informazioni al personale e redigere un verbale giornaliero. Il contribuente ha diritto a:

• Presenza e assistenza: essere presente durante le operazioni o farsi rappresentare da un professionista;
• Richiedere l’esame in ufficio: l’art. 12 dello Statuto consente di richiedere che l’esame dei documenti avvenga presso l’ufficio o lo studio del professionista ;
• Annotare osservazioni: eventuali rilievi devono essere riportati nel processo verbale di verifica .

La permanenza degli ispettori non può superare 30 giorni prorogabili . Nel caso di laboratori con contabilità semplificata (professionisti o microimprese), la proroga non può superare 15 giorni.

2.3 Processo verbale di constatazione (PVC)

Al termine della verifica viene rilasciato il processo verbale di constatazione (PVC), documento nel quale vengono riportati i fatti rilevati, le violazioni contestate e le motivazioni. È un momento cruciale: il contribuente ha la possibilità di produrre osservazioni e memorie difensive entro 60 giorni dal rilascio del verbale (per i procedimenti iniziati prima dell’abrogazione del comma 7 dell’art. 12). Presentare memorie puntuali e documentate può portare all’archiviazione totale o parziale della contestazione.

Un laboratorio di analisi, ad esempio, può dimostrare che le movimentazioni bancarie ritenute ricavi sono invece finanziamenti soci, rimborsi spese o incassi di prestazioni esenti da IVA (che non generano volume d’affari), fornendo documenti bancari, schede paziente e contratti di collaborazione.

2.4 Avviso di accertamento

Se l’ufficio ritiene non esaurienti le osservazioni, emette l’avviso di accertamento, atto con cui determina le imposte dovute, le sanzioni e gli interessi. L’avviso deve essere motivato: deve indicare i fatti, le norme violate, i calcoli effettuati e il riferimento agli atti presupposti. La motivazione può essere per relationem (ossia richiamare il PVC), ma gli atti richiamati devono essere allegati o già notificati .

L’avviso è notificato mediante posta elettronica certificata (PEC) o raccomandata; per i laboratori di analisi organizzati in forma societaria la notifica avviene alla sede legale. I termini per impugnare decorrono dalla data di ricezione.

2.5 Impugnazione dell’avviso: ricorso e fasi del processo

Il contribuente può proporre ricorso alla Corte di giustizia tributaria di primo grado entro 60 giorni dalla notifica dell’avviso. Con la riforma del processo tributario, il deposito del ricorso (art. 22 D.Lgs. 546/1992, abrogato dal 2026) doveva avvenire entro 30 giorni dalla notifica , ma per i giudizi instaurati prima dell’entrata in vigore del D.Lgs. 175/2024 la disciplina previgente resta applicabile.

Il ricorso deve contenere l’indicazione dell’atto impugnato, dei motivi di diritto e di fatto, delle prove e del valore della controversia. È possibile chiedere la sospensione della riscossione, allegando la documentazione che attesti il periculum (rischio di danno irreparabile) e il fumus boni iuris (probabile fondatezza). La Corte decide con ordinanza sulla sospensione e successivamente entra nel merito.

Il processo tributario può articolarsi in tre gradi: primo grado (Corte di giustizia tributaria di primo grado), appello (secondo grado) e ricorso in Cassazione per motivi di legittimità. I laboratori devono considerare il costo del contenzioso e valutare la convenienza dell’accertamento con adesione.

2.6 Tutela cautelare e sospensione della riscossione

Dopo la notifica dell’avviso, l’Agenzia delle Entrate Riscossione iscrive a ruolo i tributi dovuti. Per evitare pignoramenti o ipoteche, il laboratorio può:

• presentare istanza di autotutela all’ufficio, chiedendo l’annullamento o la riduzione dell’atto;
• chiedere la sospensione amministrativa (art. 39 D.P.R. 602/1973) se l’atto presenta vizi manifesti;
• rivolgersi al giudice tributario per ottenere la sospensione giudiziale in pendenza di ricorso.

Ottenere la sospensione evita l’avvio di procedure esecutive e consente di negoziare eventuali piani di pagamento.

2.7 Pagamento e definizione dell’accertamento

Alcune situazioni rendono opportuno chiudere la controversia prima della sentenza:

• Accertamento con adesione: si può presentare istanza entro 60 giorni dalla notifica. Se l’ufficio accetta, le sanzioni sono ridotte a un terzo del minimo. È possibile rateizzare l’importo dovuto.
• Mediazione tributaria (per controversie fino a 50.000 euro): il ricorso costituisce automaticamente domanda di mediazione. Si avvia un procedimento amministrativo di 90 giorni durante il quale le parti possono trovare un accordo.
• Rottamazione delle cartelle: quando è prevista dalla legge, consente di pagare il debito senza sanzioni e interessi. I laboratori devono monitorare eventuali riaperture delle definizioni agevolate.
• Conciliazione giudiziale: nel corso del processo le parti possono conciliare; la sanzione è ridotta al 35 % o al 40 % a seconda del grado di giudizio.

2.8 Procedura di sovraindebitamento e crisi d’impresa

Qualora il laboratorio versi in una situazione di sovraindebitamento non risolvibile mediante le ordinarie rateazioni, è possibile avvalersi delle procedure previste dalla Legge 3/2012 e dal Codice della crisi d’impresa e dell’insolvenza (D.Lgs. 14/2019). Le principali sono:

1. Piano del consumatore: destinato a persone fisiche che non svolgono attività imprenditoriale. Prevede la presentazione al tribunale di un piano di pagamento dei debiti con possibile falcidia degli stessi; il piano è omologato dal giudice e vincola i creditori.
2. Accordo di composizione della crisi: rivolto anche ad imprenditori individuali e professionisti; necessita del voto favorevole dei creditori che rappresentano almeno il 60 % dei crediti ammessi.
3. Liquidazione controllata: procedura che prevede la liquidazione dell’intero patrimonio con esdebitazione finale.

L’Avv. Monardo, in qualità di Gestore della crisi da sovraindebitamento e Esperto negoziatore, può assistere il laboratorio nella predisposizione del piano e nelle trattative con l’Agenzia delle Entrate e l’Agenzia Riscossione.

3 Difese e strategie legali per i laboratori di analisi

Affrontare un accertamento fiscale richiede un approccio strategico che tenga conto della normativa e della recente giurisprudenza. In questa sezione vengono illustrate le principali strategie difensive adottabili dai laboratori di analisi.

3.1 Verificare la legittimità dell’accesso e dell’autorizzazione

La prima linea di difesa consiste nel controllare la legittimità dell’accesso compiuto dai verificatori. È necessario verificare:

• Presenza dell’autorizzazione dell’ufficio responsabile o del Procuratore della Repubblica, soprattutto se l’accesso avviene in locali adibiti anche a uso abitativo . In mancanza, l’atto è nullo e il contribuente può eccepirlo in sede di ricorso.
• Motivazione dell’autorizzazione: deve indicare le ragioni dell’accesso e i gravi indizi di violazione. Se l’autorizzazione è motivata per relationem, l’amministrazione deve depositare anche la richiesta del verificatore; diversamente l’autorizzazione è nulla .
• Rispetto del segreto professionale: se il laboratorio custodisce referti medici o documenti contenenti dati sanitari, questi sono coperti da segreto professionale. L’ordinanza n. 16795/2025 impone che l’autorizzazione all’esame sia rilasciata solo dopo l’opposizione del segreto e che sia specifica . Se i verificatori hanno visionato documenti riservati senza autorizzazione successiva, l’acquisizione è invalida e può portare all’annullamento dell’atto.

3.2 Controllare i termini e la motivazione dell’avviso

Il ricorso può essere fondato sull’omessa o insufficiente motivazione dell’atto. Ad esempio, l’avviso che si limita a richiamare il PVC senza allegarlo o indicare il luogo dove lo si può visionare è illegittimo. Allo stesso modo, è necessario verificare che l’avviso sia stato notificato entro i termini di decadenza (di solito cinque anni). Se l’accertamento riguarda annualità ormai prescritte, l’atto è annullabile.

In caso di indagini bancarie, la motivazione deve spiegare perché i versamenti o i prelievi sono stati considerati ricavi; non può limitarsi a richiamare la presunzione legale senza indicare le ragioni per cui le giustificazioni del contribuente non sono state ritenute idonee . In assenza di tale specificità, l’atto è impugnabile.

3.3 Prova analitica della non imponibilità dei versamenti bancari

Come evidenziato dalla Cassazione (ord. n. 12991/2025), la presunzione legale posta dagli art. 32 D.P.R. 600/1973 e 51 D.P.R. 633/1972 può essere superata solo con una prova analitica . Il laboratorio dovrà dunque:

• ricostruire la tracciabilità di ogni versamento e prelevamento contestato (es. finanziamenti dei soci, rimborsi spese, incassi di prestazioni esenti IVA, movimenti personali);
• fornire documentazione (contratti, bonifici, estratti conto) che dimostri la provenienza delle somme;
• predisporre perizie contabili che colleghino i movimenti alle registrazioni contabili.

È consigliabile predisporre sin da subito un fascicolo difensivo, anche nella fase di verifica, contenente la documentazione che potrà essere utilizzata in giudizio.

3.4 Eccepire la violazione del contraddittorio e dei diritti del contribuente

La mancata instaurazione del contraddittorio endoprocedimentale può determinare l’annullamento dell’accertamento. Anche se l’obbligo di contraddittorio non è generale, recenti pronunce (Corte di cassazione, ord. n. 25049/2025) hanno stabilito che il giudice deve verificare l’idoneità degli elementi offerti dall’ufficio quando l’accesso è stato autorizzato; se l’autorizzazione è carente, l’atto è nullo .

Si può inoltre eccepire:

• la violazione dell’art. 12 dello Statuto (es. mancata informazione dei diritti, superamento dei 30 giorni di permanenza, mancata annotazione delle osservazioni nel verbale);
• la violazione della privacy e del segreto professionale, se sono stati acquisiti documenti sanitari senza autorizzazione specifica ;
• la mancata notifica dell’autorizzazione alle indagini bancarie: pur non essendo necessaria l’allegazione all’avviso, il contribuente può chiedere di visionarla e, se manca, contestare l’acquisizione dei dati .

3.5 Dimostrare la natura terapeutica delle prestazioni e l’esenzione IVA

Un laboratorio può difendersi dimostrando che le somme contestate derivano da prestazioni sanitarie esenti da IVA. A tal fine occorre:

• conservare contratti con i committenti (ASL, cliniche, poliambulatori) che specifichino che le prestazioni sono di diagnosi e cura;
• allegare prescrizioni mediche e cartelle cliniche (nel rispetto del GDPR) che provino lo scopo terapeutico della prestazione ;
• predisporre un prospetto riepilogativo dei ricavi divisi per tipologia (prestazioni esenti, prestazioni imponibili, vendita di reagenti e strumentazione) e indicare l’esatto trattamento fiscale.

Nelle controversie IVA, l’onere della prova dell’esenzione grava sul contribuente: occorre dimostrare che i servizi rientrano nelle prestazioni di diagnosi, cura e riabilitazione secondo l’interpretazione della Corte di giustizia UE e della Cassazione .

3.6 Gestire l’IVA sulle forniture di materiale e servizi accessori

I laboratori spesso forniscono ai clienti reagenti, provette, software e servizi accessori. Tali cessioni possono essere assoggettate a IVA anche se correlate a prestazioni esenti. L’Agenzia delle Entrate, con risposta n. 452/2022, ha chiarito che la fornitura di strumentazione e reagenti, nonché la formazione e l’assistenza tecnica, costituiscono operazioni separate e imponibili. Per evitare contestazioni occorre:

• emettere fatture separate per le prestazioni sanitarie esenti e per la cessione di beni e servizi imponibili;
• applicare il reverse charge o l’esenzione se la fornitura rientra in operazioni intracomunitarie;
• conservare documentazione contrattuale che distingua chiaramente le diverse prestazioni.

3.7 Riconoscimento dei costi e deduzioni IRAP

In ambito IRAP, l’amministrazione può contestare la deducibilità dei costi sostenuti dal laboratorio (ad es. compensi a collaboratori esterni, spese per apparecchiature, canoni di leasing). Per difendersi è necessario dimostrare che i costi sono effettivi, inerenti all’attività e documentati. Nel caso di costi non documentati (c.d. “costi neri”), la giurisprudenza ammette l’utilizzo di presunzioni semplici: l’ordinanza n. 12991/2025 riconosce che il contribuente può opporre anche prove presuntive per giustificare costi non contabilizzati, purché siano gravi, precise e concordanti .

Per il personale dipendente, è possibile dedurre dal valore della produzione IRAP una quota di costo del lavoro entro i limiti stabiliti dalle leggi regionali; i laboratori devono verificare le deduzioni spettanti e allegare i prospetti paga.

3.8 Strategie processuali e riparto dell’onere della prova

Durante il giudizio, è fondamentale gestire correttamente l’onere della prova. Secondo la Cassazione, la presunzione legale derivante dalle indagini bancarie consente all’Amministrazione di riferire de plano le movimentazioni a operazioni imponibili ; il contribuente deve fornire una prova analitica. Ciò non esclude però la possibilità di sollevare eccezioni di nullità dell’atto per vizi formali.

Inoltre, la difesa può chiedere alla Corte di giustizia tributaria di ordinare all’ufficio l’esibizione di documenti non allegati (autorizzazioni, report integrali) e, se l’ufficio non li produce, eccepire l’impossibilità di esercitare pienamente il diritto di difesa.

3.9 Valutare la convenienza dell’accordo con l’ufficio

Prima di intraprendere un contenzioso che può durare anni, è opportuno valutare la possibilità di definire la controversia con accertamento con adesione o mediazione. Tali strumenti consentono di ridurre le sanzioni e rateizzare il pagamento. La scelta va ponderata in base all’entità delle somme contestate, alla probabilità di successo in giudizio e alla capacità finanziaria del laboratorio. Un avvocato esperto potrà quantificare i rischi e i vantaggi delle diverse opzioni.

4 Strumenti alternativi per definire o ridurre il debito

Oltre all’accertamento con adesione, esistono diversi strumenti che permettono ai laboratori di analisi di regolarizzare la propria posizione fiscale o ottenere una significativa riduzione del debito.

4.1 Rottamazione e stralcio dei carichi fiscali

Negli anni recenti il legislatore ha introdotto numerose rottamazioni (definizione agevolata dei carichi affidati all’Agente della Riscossione), consentendo il pagamento delle sole imposte o contributi senza sanzioni e interessi di mora. Le scadenze variano a seconda della legge di riferimento (D.L. 119/2018, D.L. 34/2019, D.L. 4/2023, D.L. 145/2023). Anche se le rottamazioni “quater” e “quinquies” sono scadute nel 2025, il Parlamento potrebbe approvare nuove definizioni; il laboratorio deve verificare la propria posizione debitoria e, in caso di riapertura, presentare domanda entro i termini.

4.2 Saldo e stralcio

Il saldo e stralcio consente di pagare in misura ridotta le cartelle relative a contribuenti in difficoltà economica con reddito ISEE inferiore a determinate soglie. Anche questa procedura è stata prevista da leggi temporanee (es. L. 145/2018) ma potrebbe essere riproposta. I laboratori di piccole dimensioni (ditte individuali) possono beneficiare del saldo e stralcio se si trovano in condizioni di grave e comprovata difficoltà economica.

4.3 Transazione fiscale e concordato preventivo

Nel contesto della crisi d’impresa, il concordato preventivo e l’accordo di ristrutturazione permettono di concordare con l’Agenzia delle Entrate e l’Agente della Riscossione il pagamento parziale dei debiti fiscali. La transazione fiscale prevede la falcidia di imposte e sanzioni, purché il piano sia più vantaggioso rispetto alla procedura liquidatoria. È richiesta l’attestazione di un professionista (commissario giudiziale o esperto) sulla fattibilità del piano.

4.4 Procedure di sovraindebitamento (Legge 3/2012 e Codice della crisi)

Come anticipato, le procedure di composizione della crisi da sovraindebitamento consentono a persone fisiche e piccoli imprenditori di definire i debiti con un piano pluriennale. Per i laboratori di analisi costituiti in forma individuale o di società di persone, le principali opzioni sono:

• Ristrutturazione dei debiti del consumatore: richiede l’approvazione del giudice, non dei creditori; permette di falcidiare tributi e sanzioni.
• Concordato minore: previsto dal Codice della crisi, consente il pagamento parziale dei debiti tramite un piano approvato dai creditori.
• Liquidazione controllata: comporta la liquidazione dei beni e l’esdebitazione finale.

L’Avv. Monardo, grazie alla sua esperienza come Gestore della crisi, può accompagnare il contribuente nella scelta della procedura più adatta e nella predisposizione degli atti.

5 Errori comuni e consigli pratici

Durante un accertamento fiscale molti laboratori commettono errori che comprometteranno la loro posizione difensiva. Di seguito i più frequenti e i consigli per evitarli.

1. Ignorare le comunicazioni dell’ufficio. Le richieste di documenti e i questionari vanno sempre letti con attenzione e rispettati. Rispondere in ritardo o in modo incompleto può costituire elemento negativo e portare all’emissione di avvisi induttivi.
2. Confondere prestazioni esenti e imponibili. È fondamentale distinguere tra prestazioni sanitarie esenti da IVA e servizi accessori soggetti a imposta. Mantenere una contabilità separata aiuta a dimostrare la corretta applicazione del regime fiscale.
3. Non conservare la documentazione. La prova analitica richiesta per superare le presunzioni bancarie richiede la conservazione di contratti, ricevute, estratti conto, e-mail. Senza documenti la difesa è debole. È consigliabile archiviare digitalmente i dati e aggiornarli periodicamente.
4. Acconsentire all’accesso senza verificare i requisiti. Non esitate a chiedere copia dell’autorizzazione e a far annotare le vostre osservazioni nel verbale; ciò potrà risultare decisivo in giudizio.
5. Trascurare i termini. I termini per presentare memorie (60 giorni) e per proporre ricorso (60 giorni) sono perentori. Utilizzare un calendario delle scadenze consente di non perderli.
6. Affrontare da soli la verifica. L’assistenza di un avvocato e di un commercialista specializzati permette di individuare subito i vizi dell’accertamento e di predisporre una strategia coordinata.
7. Omettere l’analisi dell’autorizzazione alle indagini bancarie. Come visto, la mancanza di autorizzazione produce nullità solo se si dimostra un pregiudizio; tuttavia, conoscere se l’autorizzazione esiste e se è motivata permette di costruire una difesa adeguata .
8. Non valutare le opzioni deflattive. In alcuni casi, la definizione mediante adesione o mediazione comporta un costo inferiore e tempi più rapidi rispetto al processo. È opportuno confrontare i costi e i benefici di ogni scelta.
9. Sottovalutare l’impatto della privacy. I laboratori trattano dati sensibili: bisogna verificare che l’acquisizione di referti e cartelle cliniche da parte dei verificatori avvenga nel rispetto della normativa sulla privacy e del segreto professionale .
10. Non aggiornarsi sulle novità normative. Il diritto tributario è in continua evoluzione; le modifiche alla disciplina dell’IVA sulle prestazioni sanitarie, all’IRAP e alle procedure di accertamento possono cambiare radicalmente la difesa. Seguire newsletter specialistiche o affidarsi a professionisti evita errori.

6 Tabelle riepilogative

6.1 Principali norme applicabili agli accertamenti sui laboratori

6.2 Scadenze e termini

7 Domande frequenti (FAQ)

1. Come posso capire se la verifica fiscale è legittima?
   Verifica che i funzionari esibiscano un’autorizzazione scritta e che indichino le ragioni della verifica. Se l’accesso avviene in orari non lavorativi o in locali ad uso abitativo, chiedi che venga mostrata l’autorizzazione del Procuratore della Repubblica . Puoi annotare le tue osservazioni nel verbale .
2. Quanto tempo possono restare gli ispettori nel mio laboratorio?
   La permanenza non può superare 30 giorni lavorativi, prorogabili per altri 30 giorni solo per casi complessi e motivati; per le imprese in contabilità semplificata la proroga massima è 15 giorni . I giorni vanno conteggiati sulla base della effettiva presenza degli ispettori.
3. Devo consegnare subito tutti i documenti richiesti?
   Sì, ma puoi chiedere che l’esame avvenga presso l’ufficio dei verificatori o presso il tuo professionista . Puoi anche ottenere un termine congruo per raccogliere i documenti, soprattutto se sono conservati in formato elettronico o presso terzi.
4. Cosa succede se mi contestano prelievi o versamenti bancari?
   L’amministrazione presume che siano ricavi. Spetta a te fornire una prova analitica che dimostri la loro estraneità all’attività, ad esempio mediante contratti di finanziamento, restituzione di prestiti, rimborsi spese o pagamenti personali .
5. È necessario allegare l’autorizzazione alle indagini bancarie all’avviso?
   No. La Cassazione ha stabilito che l’autorizzazione non deve essere allegata e non richiede motivazione; la sua assenza produce nullità solo se il contribuente dimostra un concreto pregiudizio . Tuttavia, puoi chiederne visione e contestare eventuali irregolarità.
6. Possono estendere le indagini ai conti dei miei familiari?
   Sì, ma solo se esistono elementi che dimostrano che quei conti sono di fatto utilizzati per l’attività o se vi è un vincolo familiare e rapporti economici. Per i conviventi, l’ufficio deve dimostrare un legame stabile e altri indizi . In mancanza di prove, puoi contestare la riferibilità dei movimenti.
7. Cosa fare se i verificatori acquisiscono referti o dati sanitari?
   Opponi subito il segreto professionale; la Cassazione impone che l’autorizzazione sia rilasciata solo dopo l’opposizione e che individui specificamente i documenti da esaminare . In mancanza, l’acquisizione è illegittima.
8. Quando conviene fare l’accertamento con adesione?
   Conviene quando le prove a tuo favore sono deboli o la pretesa fiscale è ragionevolmente fondata. Con l’adesione le sanzioni sono ridotte e puoi rateizzare l’importo. È invece sconsigliato se l’atto presenta vizi formali gravi.
9. Che cos’è la mediazione tributaria?
   È una procedura obbligatoria per le controversie di valore fino a 50.000 euro. Presentando ricorso, si apre automaticamente un periodo di 90 giorni durante il quale puoi negoziare con l’ufficio una riduzione dell’imposta e delle sanzioni; se non si raggiunge l’accordo, il giudizio prosegue.
10. Posso rateizzare i pagamenti?
    Sì. L’Agenzia delle Entrate Riscossione concede rateizzazioni fino a 72 rate, estendibili a 120 in casi eccezionali. In caso di adesione o conciliazione, è possibile ottenere una rateazione personalizzata.
11. Qual è la differenza tra il piano del consumatore e l’accordo di ristrutturazione?
    Il piano del consumatore (Legge 3/2012) è riservato alle persone fisiche non imprenditori e non richiede l’approvazione dei creditori; l’accordo di ristrutturazione richiede il voto favorevole di almeno il 60 % dei crediti e può essere utilizzato anche da imprenditori individuali e professionisti.
12. Le prestazioni di analisi svolte per conto di terzi (es. test aziendali, medicina del lavoro) sono esenti da IVA?
    Dipende dal loro scopo. Se finalizzate alla diagnosi e cura del lavoratore, possono essere esenti; se finalizzate a valutazioni preventive per scopi amministrativi o assicurativi, sono imponibili . È opportuno distinguere le prestazioni nei contratti e nelle fatture.
13. Cosa succede se l’avviso di accertamento è stato notificato dopo il termine di decadenza?
    L’atto è nullo. Devi eccepire la decadenza nel ricorso, producendo la prova della data di presentazione della dichiarazione e della notifica. La decadenza non è rilevabile d’ufficio, quindi l’eccezione deve essere sollevata dal contribuente.
14. Sono obbligato a dare copia dei referti ai verificatori?
    No. Puoi opporre il segreto professionale e chiedere che i referti restino presso l’archivio. I verificatori potranno esaminarli solo se muniti di specifica autorizzazione del procuratore della Repubblica .
15. Posso usare prove presuntive a mio favore?
    Sì. Se non hai documenti che giustifichino tutti i costi, puoi ricorrere a presunzioni gravi, precise e concordanti (es. consumo di reagenti, personale impiegato, numero di analisi effettuate). La Cassazione ammette presunzioni contrarie alle presunzioni legali, purché convincenti .
16. Le spese legali e di consulenza sono deducibili?
    Sì, se inerenti all’attività. È opportuno conservarne le fatture e imputarle correttamente in contabilità. Nel caso di contenzioso tributario, le spese legali possono essere portate in deduzione come costi di difesa.
17. Che cosa succede se il laboratorio chiude l’attività?
    La chiusura non estingue l’obbligo di pagare le imposte contestate. Tuttavia, può essere avviata una procedura di sovraindebitamento per ottenere la falcidia dei debiti e l’esdebitazione.
18. Come calcolare l’IRAP su un laboratorio individuale?
    Per i professionisti individuali, l’IRAP si calcola sulla differenza tra compensi e costi inerenti (escluse le spese per il titolare). I contributi previdenziali sono deducibili. È fondamentale predisporre un prospetto dei costi e delle deduzioni applicate .
19. È possibile utilizzare la fatturazione elettronica per le prestazioni esenti?
    Sì. Anche per le prestazioni esenti da IVA è necessario emettere una fattura elettronica o un documento commerciale. Nelle fatture relative a prestazioni sanitarie, per motivi di privacy, è possibile omettere la descrizione dell’esame e sostituirla con dizioni generiche (es. “prestazioni sanitarie esenti art. 10”).
20. Se ricevo un “invito a comparire” è già un accertamento?
    No, l’invito fa parte della fase istruttoria. È un’occasione per chiarire la tua posizione e fornire prove; se gestito correttamente, può evitare l’emissione dell’avviso. È consigliabile farsi assistere da un professionista.

8 Simulazioni pratiche e numeriche

8.1 Simulazione di accertamento su movimentazioni bancarie

Supponiamo che la Guardia di Finanza abbia acquisito l’estratto conto di un laboratorio di analisi per l’anno 2022. Vengono rilevati prelievi per 150.000 euro e versamenti per 200.000 euro non registrati in contabilità.

1. Presunzione dell’Amministrazione: l’ufficio considera i prelievi come pagamenti in contanti ai fornitori e i versamenti come ricavi occulti. Pertanto, determina una maggiore base imponibile ai fini IVA e IRAP pari a 350.000 euro.
2. Prova del contribuente: il laboratorio dimostra che 100.000 euro di prelievi sono stati utilizzati per pagare rimborsi a medici convenzionati (prestazioni già registrate), 30.000 euro per rimborsi spese, 10.000 euro per imposte pagate. Produce contratti e ricevute. Inoltre, dimostra che 150.000 euro dei versamenti derivano da un finanziamento soci (bonifico dei soci con relativo contratto), 20.000 euro sono depositi di assegni ricevuti per analisi esenti da IVA e 30.000 euro sono restituzione di un prestito concesso a un dipendente. Rimangono 30.000 euro non giustificati.
3. Esito possibile: l’amministrazione, riconoscendo le prove, riduce la base imponibile da 350.000 a 30.000 euro e applica la sanzione solo su questa quota. Se il contribuente propone accertamento con adesione, le sanzioni sono ridotte a un terzo.

8.2 Calcolo dell’IRAP di un laboratorio

Un laboratorio individuale nel 2024 ha incassato 1.000.000 euro per prestazioni sanitarie esenti IVA e 200.000 euro per forniture di reagenti e servizi accessori imponibili. I costi per beni e servizi ammontano a 400.000 euro, di cui 150.000 per personale dipendente.

1. Determinazione del valore della produzione: il laboratorio considera nel valore della produzione sia i ricavi esenti che quelli imponibili (totale 1.200.000 euro).
2. Costi deducibili: secondo l’art. 5 D.Lgs. 446/1997, sono deducibili i costi per il personale dipendente (150.000 euro) e gli altri costi fino a concorrenza dei ricavi imponibili. Deduciamo quindi 150.000 euro + 400.000 euro = 550.000 euro.
3. Valore della produzione netta: 1.200.000 − 550.000 = 650.000 euro.
4. Aliquota IRAP: l’aliquota varia per regione, ma ipotizziamo il 3,9 %. L’IRAP dovuta è 25.350 euro.
5. Eventuali deduzioni: se la regione prevede deduzioni per il numero di dipendenti (ad esempio 7.500 euro per ciascuno), il laboratorio potrebbe ridurre ulteriormente l’imponibile.

Questa simulazione evidenzia la necessità di una corretta contabilità analitica per evitare contestazioni sull’IRAP.

8.3 Esempio di definizione agevolata

Il laboratorio ha due cartelle esattoriali affidate all’Agente della Riscossione nel 2019 per un totale di 80.000 euro (imposta 50.000 euro, sanzioni 20.000 euro, interessi 10.000 euro). Nel 2025 aderisce a una rottamazione-quater.

• Deve versare solo l’imposta (50.000 euro) e gli interessi legali ridotti a 2.000 euro. Le sanzioni e gli interessi di mora sono stralciati.
• Può pagare in 18 rate trimestrali (durata 5 anni) con interessi al 2 % annuo.
• L’adesione sospende gli effetti di eventuali procedure esecutive in corso.

Questa definizione comporta un risparmio di 28.000 euro rispetto al debito originario. Tuttavia, l’opportunità va valutata con un professionista perché il mancato pagamento anche di una sola rata determina la perdita dei benefici.

9 Sezione giurisprudenza: sentenze recenti da conoscere

Le pronunce giurisprudenziali costituiscono la bussola per orientarsi nelle contestazioni fiscali. Di seguito una sintesi delle sentenze più rilevanti per i laboratori di analisi.

1. Cassazione, ord. n. 16795/2025 – Segreto professionale e accesso a documenti riservati. La Corte afferma che l’autorizzazione all’esame di documenti coperti da segreto deve essere rilasciata solo dopo l’opposizione del contribuente e deve indicare specificamente i documenti autorizzati . L’autorizzazione generica o preventiva è invalida.
2. Cassazione, ord. n. 27128/2025 – Irregolarità nelle indagini bancarie. La Corte stabilisce che la mancanza di autorizzazione formale non implica l’inutilizzabilità dei dati ottenuti se il contribuente non dimostra un concreto pregiudizio ai suoi diritti . L’onere della prova della lesione grava sul contribuente.
3. Cassazione, ord. n. 12991/2025 – Presunzione legale e prova analitica. Secondo la Corte, la presunzione sui prelevamenti e versamenti bancari consente all’amministrazione di considerare de plano i movimenti come ricavi; il contribuente può superare la presunzione solo con prova analitica per ogni operazione .
4. Cassazione, ord. n. 25049/2025 – Accesso domiciliare e motivazione dell’autorizzazione. Il giudice deve verificare l’idoneità degli elementi che hanno giustificato l’accesso. Se l’autorizzazione è motivata per relationem, l’amministrazione deve produrre anche la richiesta richiamata . In assenza, l’autorizzazione e l’atto impositivo sono nulli.
5. Cassazione, ord. n. 20816/2024 – Indagini sui conti del coniuge. La Corte ha riconosciuto la legittimità dell’estensione delle presunzioni ai conti del coniuge in presenza di un rapporto familiare e di elementi sintomatici (es. lavoro presso l’impresa) . L’autorizzazione alle indagini bancarie non deve essere allegata all’avviso e non richiede motivazione .
6. Cassazione, ord. n. 7583/2025 – Limiti alle indagini sui conti del convivente. L’ufficio deve dimostrare l’esistenza di un legame affettivo stabile e altri elementi (es. uso dei conti per l’attività) per estendere la presunzione .
7. Corte Europea dei Diritti dell’Uomo, sentenza 6 febbraio 2025, causa 36617/18 – Accessi domiciliari. La Corte EDU ha affermato che gli accessi fiscali a domicilio costituiscono ingerenze nel diritto al rispetto della vita privata e familiare e devono essere giustificati da gravi indizi e autorizzazione motivata; la carenza di motivazione viola l’art. 8 CEDU. Questa pronuncia ha influito sulle decisioni della Cassazione (ord. n. 25049/2025).
8. Corte costituzionale, sentenza n. 228/2014 – Prelievi bancari e professionisti. La Consulta ha dichiarato l’illegittimità dell’art. 32, comma 1, n. 2 del D.P.R. 600/1973 nella parte in cui considerava i prelievi dei professionisti come compensi. Di conseguenza, per i professionisti (tra cui i titolari di laboratori individuali) solo i versamenti ingiustificati costituiscono ricavi.
9. Cassazione, ord. n. 19159/2025 – Estensione della presunzione legale alle società cointestatarie. La Corte ha ribadito che nelle società con base sociale ristretta, le movimentazioni sui conti dei soci sono presumibilmente riferibili alla società; spetta ai soci fornire prova contraria.
10. Cassazione, ord. n. 27126/2025 – Rideterminazione dell’IRAP. La Corte ha annullato l’accertamento che aveva escluso costi deducibili per difetto di prova, affermando che il giudice deve valutare tutte le prove offerte, comprese le presunzioni semplici gravi, precise e concordanti.

Conclusione

Un accertamento fiscale nei confronti di un laboratorio di analisi è una prova complessa che richiede preparazione, tempestività e conoscenza approfondita delle norme. Abbiamo visto che la disciplina IVA, IRAP e le procedure di accertamento si intrecciano con il diritto alla difesa, il segreto professionale e la protezione dei dati sensibili. Le recenti sentenze della Cassazione e della Corte EDU impongono alla Guardia di Finanza e agli uffici tributari requisiti stringenti per gli accessi domiciliar i e l’acquisizione di documenti riservati , mentre la presunzione legale sulle movimentazioni bancarie resta un baluardo a favore dell’Erario .

Per difendersi subito e bene occorre agire sin dalle prime fasi: rispondere tempestivamente ai questionari, verificare la legittimità degli accessi, opporre il segreto professionale quando necessario, raccogliere documentazione analitica per giustificare i movimenti bancari e distinguere correttamente le prestazioni esenti da quelle imponibili.

La complessità delle norme e la continua evoluzione della giurisprudenza rendono indispensabile l’assistenza di professionisti specializzati. L’Avv. Giuseppe Angelo Monardo e il suo team di avvocati e commercialisti offrono una consulenza multidisciplinare che integra competenze tributarie, bancarie e di crisi d’impresa. Grazie alla sua esperienza come cassazionista, gestore della crisi da sovraindebitamento e esperto negoziatore, l’Avv. Monardo è in grado di proporre strategie su misura: dalla predisposizione del fascicolo difensivo alla presentazione di ricorsi, dalla sospensione delle cartelle alle trattative per l’accertamento con adesione, fino alle procedure di ristrutturazione del debito.

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